结论：是否因老板扣1000元工资而打官司，需结合具体情况判断。以下从不同角度为你分析，并提供相应建议。
一、法律角度分析
扣工资的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资。若老板扣工资的行为缺乏合法依据（如未违反公司规章制度、未造成公司损失等），则属于违法行为。
- 建议：首先确认扣工资的原因是否合法。若认为不合法，可收集相关证据（如工资条、扣款通知、公司规章制度等），为后续维权做准备。
维权途径：
- 协商：尝试与老板沟通，了解扣款原因，并争取协商解决。
- 投诉：向当地劳动监察部门投诉，要求其介入调查并处理。
- 仲裁：若协商和投诉无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求老板支付被扣的工资及可能的赔偿。
- 诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼。
二、经济角度分析
成本效益：
- 成本：打官司需要投入时间、精力，并可能产生一定的费用（如律师费、诉讼费等）。
- 效益：若成功维权，可获得被扣的工资及可能的赔偿；若失败，则可能面临一定的经济损失和时间成本。
- 建议：在决定是否打官司前，需权衡成本与效益。若扣款金额较小，且维权成本较高，可考虑通过其他途径解决；若扣款金额较大，或老板的行为性质恶劣，则建议积极维权。
证据收集：
- 在决定维权前，务必收集充分的证据，以证明老板扣工资的行为违法。证据可包括工资条、扣款通知、公司规章制度、与老板的沟通记录等。
- 建议：提前准备证据，确保在维权过程中有据可查。
三、实际操作建议
先尝试协商：
- 在决定采取法律行动前，先尝试与老板进行友好协商，了解扣款原因，并争取达成和解。
咨询专业人士：
- 若对法律程序不熟悉，或担心自己无法有效维权，可咨询专业律师或劳动法律师，获取专业建议。
保持冷静与理性：
- 在维权过程中，保持冷静与理性，避免情绪化行为。通过合法途径表达自己的诉求，维护自己的合法权益。
总结：老板扣1000元工资是否值得打官司，需根据具体情况判断。若认为扣款行为违法，且维权成本相对较低，可考虑通过法律途径维权。在维权过程中，务必收集充分证据，并咨询专业人士的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。