结论概述：事业单位职工超出规定天数休假，是否可按超出天数扣工资，需视具体情况及单位规章制度而定，不能一概而论。以下从多个角度进行详细分析。
一、法律法规层面
国家法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，但具体休假天数和方式需遵循国家法律法规及单位规章制度。
- 若职工超出法定休假天数或单位规定的休假天数，单位是否有权扣工资，并非直接由国家法律法规明确规定，而是需结合单位规章制度及劳动合同来判定。
地方性法规或政策：
- 不同地区可能根据当地实际情况，制定了关于事业单位职工休假及工资扣除的具体规定。因此，需查阅当地相关法规或政策，以获取更准确的信息。
二、单位规章制度层面
规章制度合法性：
- 事业单位制定的关于休假及工资扣除的规章制度，必须符合国家法律法规的规定，不得侵犯职工的合法权益。
- 若规章制度中明确规定了超出休假天数的工资扣除方式，且该规定合法有效，则单位有权按照规章制度执行。
规章制度执行：
- 即使规章制度中规定了超出休假天数的工资扣除方式，单位在执行时也需确保程序的合法性和合理性，如提前告知职工、听取职工意见等。
- 若单位未按照规章制度执行，或规章制度本身存在违法情形，职工有权提出异议并寻求法律救济。
三、劳动合同层面
劳动合同约定：
- 劳动合同是职工与单位之间约定权利义务的重要文件。若劳动合同中明确约定了超出休假天数的工资扣除方式，则双方应按照合同约定执行。
- 若劳动合同中未约定或约定不明确，则需参考单位规章制度及国家法律法规的规定。
劳动合同变更：
- 若因特殊情况需要变更劳动合同中关于休假及工资扣除的约定，双方应协商一致并签订书面变更协议。
四、实际操作建议
查阅单位规章制度：
- 职工应首先查阅单位制定的关于休假及工资扣除的规章制度，了解具体规定。
与单位沟通协商：
- 若对规章制度或劳动合同中的约定有疑问或异议，职工应与单位进行沟通协商，寻求合理解决方案。
寻求法律救济：
- 若单位未按照规章制度或劳动合同约定执行工资扣除，或规章制度本身存在违法情形，职工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律救济途径。
五、特殊情况考虑
- 若职工超出休假天数是由于特殊原因（如疾病、家庭变故等），且已按照单位规定履行了请假手续，单位在考虑工资扣除时应给予一定的人文关怀和合理调整。
总结与提醒：事业单位职工超出规定天数休假是否可按超出天数扣工资，需综合考虑国家法律法规、单位规章制度、劳动合同约定以及特殊情况等因素。职工在遇到此类问题时，应首先查阅相关规定并与单位沟通协商，必要时可寻求法律救济。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。