针对员工旷工两天的处理问题，这确实是一个需要细致且合规处理的情况。首先，我们要明确的是，旷工两天的处理方式会因单位性质（如企业、事业单位、国家机关）以及单位内部合法有效的规章制度而有所不同。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：
一、确认旷工事实
- 核实考勤记录：单位应首先查阅员工的考勤记录，确认员工确实存在旷工两天的行为。
- 与员工沟通：与员工进行面对面的沟通，了解旷工的具体原因，确保对旷工事实的认定准确无误。
二、依据单位性质处理
企业单位：
- 扣减工资：根据单位规章制度，可按旷工天数扣发相应工资，但需注意扣除部分不得超过当月工资的20%，且不得低于当地最低工资标准。
- 纪律处分：旷工两天可能会被给予警告、记过等处分，这些处分将影响员工的绩效考核、晋升、调薪等。
- 解除劳动合同：若单位规章制度明确规定旷工两天为严重违纪，企业可依法解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
事业单位：
- 批评教育：对旷工员工进行批评教育，指出其不当之处并要求改正。
- 扣减绩效工资：根据绩效工资考核办法，扣减旷工期间的绩效工资。
- 纪律处分：依据《事业单位工作人员处分暂行规定》，可能给予警告、记过等处分，这些处分将影响员工的岗位聘任和年度考核。
国家机关单位：
- 诫勉谈话：安排相关领导与旷工人员进行诫勉谈话，了解原因并进行批评教育。
- 扣发津贴补贴：旷工可能导致当月部分津贴补贴被扣除。
- 行政处分：虽旷工两天未达到辞退标准，但可根据情节轻重给予警告、记过或记大过处分，这些处分将影响员工的职务晋升和工资档次。
三、确保处理合法合规
- 遵守法律法规：在处理旷工时，单位必须确保遵守《劳动合同法》、《工资支付暂行规定》等相关法律法规，避免违法处理带来的法律风险。
- 保障员工权益：员工对公司的处理决定有异议时，有权通过沟通协商、劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。单位应尊重员工的这一权利，并积极配合处理相关事宜。
四、综合建议
- 加强员工管理：单位应加强员工管理和教育，提高工作纪律和责任感，减少旷工等违纪行为的发生。
- 完善规章制度：确保单位规章制度合法有效，经过民主程序制定并向员工公示，作为处理旷工行为的依据。
- 注重沟通协调：在处理旷工问题时，应注重与员工的沟通协调，了解旷工原因，寻求合理解决方案，避免矛盾激化。
综上所述，旷工两天的处理方式需综合考虑单位性质、规章制度及法律法规，确保处理结果既合法又合理。同时，加强员工管理和教育，营造良好工作环境，也是预防旷工行为、维护良好工作秩序的重要措施。