结论：公司合同中约定由员工先垫款，后期找公司报销，这种做法本身并不违法，但具体是否合法需根据合同条款、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。

详细分析：

1. 合同条款的合法性：

   • 如果合同中明确约定了员工垫款及后续报销的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么该条款是有效的。员工在签订合同时，应仔细阅读并理解这些条款，确保自己的权益不受侵害。
   • 例如，合同中可以约定：“员工因工作需要先行垫付相关费用，公司将在收到有效报销凭证后XX个工作日内予以报销。”这样的条款既明确了双方的权利义务，又符合法律法规的规定。

2. 公司规章制度的合规性：

   • 除了合同条款外，公司还应有完善的规章制度来规范报销流程。这些制度应明确报销的范围、标准、流程以及所需提供的凭证等，以确保报销的公正性和透明性。
   • 如果公司的规章制度违反了法律法规或合同条款，员工有权拒绝执行，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

3. 相关法律法规的遵循：

   • 在报销过程中，公司应遵守国家相关的税收法律法规，如增值税、个人所得税等。员工垫付的费用如果涉及发票等税务凭证，公司应确保这些凭证的真实性和合法性，并按照规定进行税务处理。
   • 同时，公司还应遵守劳动法律法规，不得利用报销制度来变相克扣员工工资或福利。例如，公司不得要求员工垫付与工作无关的费用，或者以报销为条件来限制员工的合法权益。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 员工在垫款前，应与公司确认报销的具体流程和所需凭证，以避免后续产生纠纷。
   • 在垫款后，员工应及时保存好相关凭证，如发票、收据等，以便在报销时提供。
   • 如果公司拒绝报销或拖延报销，员工可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

建议：

• 在签订合同时，员工应仔细阅读合同条款，特别是关于垫款和报销的部分，确保自己的权益得到保障。
• 在日常工作中，员工应遵守公司的规章制度，按照规定的流程进行报销。
• 如果遇到公司拒绝报销或拖延报销的情况，员工应及时与公司沟通并寻求解决方案；必要时，可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。