单位扣发效益工资是否合法及计算方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若劳动合同或规章制度明确约定效益工资发放条件及扣发规则
   根据《劳动合同法》第三条、第三十条，用人单位与劳动者应遵循合法、公平、平等自愿原则签订劳动合同，工资支付标准、支付形式等属于劳动合同必备条款。若劳动合同或经民主程序制定的规章制度（如员工手册）中明确约定效益工资的发放条件（如业绩目标、考核标准等）及扣发规则（如未达标时的扣减比例），且该约定不违反法律强制性规定（如最低工资标准），则用人单位可依据约定扣发效益工资。
   计算方式：以劳动合同或规章制度约定的扣发规则为准。例如，若约定“效益工资=个人业绩×提成比例，未完成基础业绩时扣发50%”，则按实际业绩计算应发效益工资后，按约定比例扣减。

2. 若劳动合同或规章制度未明确约定效益工资发放条件及扣发规则
   根据《工资支付暂行规定》第七条、第十五条，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，且用人单位不得克扣劳动者工资（法律、法规另有规定的除外）。若用人单位未与劳动者约定效益工资的发放条件及扣发规则，或约定不明确，则用人单位无权单方扣发效益工资。
   计算方式：若用人单位已实际支付部分效益工资，劳动者可要求用人单位按历史支付标准或同岗位同工同酬标准补发差额；若用人单位未支付任何效益工资，劳动者可要求用人单位全额支付。

3. 若用人单位以“效益不好”为由扣发效益工资
   根据《劳动合同法》第四条、第三十五条，用人单位因生产经营困难需调整工资支付标准的，应与工会或职工代表协商一致，并签订书面协议。若用人单位未经协商一致，仅以“效益不好”为由单方扣发效益工资，则属于违法行为。
   计算方式：劳动者可要求用人单位按原工资标准（包括效益工资）补发工资差额，并可依据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条主张经济补偿。

建议行动：

• 劳动者应首先查阅劳动合同、规章制度中关于效益工资的约定，确认用人单位扣发行为是否符合约定；
  
• 若用人单位扣发行为违法，劳动者可向用人单位提出书面异议，要求补发工资；
  
• 若用人单位拒绝补发，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁主张权益。
  

特别提示：效益工资属于劳动报酬的一部分，用人单位不得随意扣发。若您遇到单位扣发效益工资的问题，可直接向我咨询具体处理方案。