结论：行政机关限制人身自由后又作出答复否认其行为违法，一般不能直接作为同一行政行为进行诉讼，但可能涉及行政行为的合法性审查及后续的行政赔偿等问题，需根据具体情况分析。
分析说明：
行政行为的独立性：
- 行政机关限制人身自由的行为，与之后作出的否认违法的答复，在法律上通常被视为两个独立的行政行为。前者是具体的行政强制措施，后者是对前者合法性的解释或辩解。
- 诉讼中，法院会对行政机关限制人身自由的行为进行合法性审查，包括是否符合法定程序、是否有充分的事实依据等。而行政机关的否认答复，虽然可能影响法院对原行政行为合法性的判断，但本身并不构成原行政行为的一部分。
诉讼对象的选择：
- 如果当事人认为行政机关限制人身自由的行为违法，并造成了损害，应当直接针对该限制人身自由的行为提起行政诉讼，要求确认违法并赔偿损失。
- 行政机关的否认答复，如果作为新的行政行为（如拒绝承认错误、拒绝赔偿等），且该答复对当事人的权利义务产生了实际影响，当事人也可以针对该答复提起行政诉讼。但在大多数情况下，否认答复本身并不直接产生新的法律效果，而是作为对原行政行为的解释或辩解存在。
行政赔偿的考量：
- 如果行政机关限制人身自由的行为被确认违法，且因此给当事人造成了损害，当事人有权要求行政机关进行赔偿。
- 在赔偿诉讼中，行政机关的否认答复可能作为其抗辩理由之一，但法院会根据事实和法律进行独立判断，不受行政机关单方面否认的影响。
行动建议：
- 收集证据：当事人应尽可能收集与行政机关限制人身自由行为相关的证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以证明该行为的违法性和造成的损害。
- 提起诉讼：在收集到充分证据后，当事人应及时向法院提起行政诉讼，要求确认行政机关限制人身自由的行为违法，并赔偿因此造成的损失。
- 关注行政机关的答复：虽然行政机关的否认答复本身不直接构成诉讼对象，但当事人应关注其内容，以便在诉讼中针对其抗辩理由进行反驳和举证。
法律后果：
- 如果行政机关限制人身自由的行为被确认违法，且因此给当事人造成了损害，行政机关将承担赔偿责任，包括赔偿当事人的直接损失和可能的间接损失。
- 如果行政机关的否认答复被法院认定为不合法或不合理，可能影响法院对行政机关整体信誉和公信力的评价，但并不直接导致行政机关承担额外的法律责任。
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