结论：在行政诉讼被驳回起诉、民事诉讼已经结束，且行政行为被确认违法的情况下，可以依据《行政诉讼法》第六十条的规定，在行政诉讼中一并审理相关民事争议，但需满足一定条件。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与适用条件

《行政诉讼法》第六十条规定：“人民法院在审理行政案件中，发现本案部分事实不清，在当事人申请或者法院依职权认为需要作为行政案件一并审理的相关民事争议，人民法院在审理行政案件中，可以一并审理。已经受理的民事案件，人民法院在审理行政案件中发现该民事案件与行政案件的审理结果有关联，需要以该民事案件的审理结果为依据的，裁定中止行政诉讼，待民事案件审结后，再恢复行政诉讼。”

适用条件：

1. 行政诉讼与民事争议存在关联性：即民事争议与行政诉讼的审理结果存在直接或间接的关联，民事争议的解决有助于行政诉讼的公正、高效审理。
2. 当事人申请或法院依职权认为需要一并审理：当事人可以向法院提出一并审理民事争议的申请，法院也可以依职权认为需要一并审理。
3. 民事案件已经受理或具备受理条件：如果民事案件尚未受理，但具备受理条件，法院可以在行政诉讼中一并受理；如果民事案件已经受理，则法院可以在审理行政案件时发现与民事案件的关联性后，决定一并审理。

二、具体应用场景

1. 行政诉讼被驳回起诉后：如果行政诉讼因程序问题或其他非实体问题被驳回起诉，但行政行为的违法性已经得到确认，且该违法行政行为与民事争议存在直接关联（如行政处罚导致民事赔偿争议），则可以在重新提起行政诉讼或针对原行政行为提起的民事诉讼中，依据《行政诉讼法》第六十条申请一并审理。
2. 民事诉讼已经结束：如果民事诉讼已经结束，但行政诉讼中发现了新的证据或事实，表明原民事诉讼的审理结果可能受到影响（如行政行为违法性确认后，发现原民事赔偿数额计算有误），则可以在行政诉讼中提出一并审理的申请，但需注意此时可能涉及对原民事判决的再审或另行提起民事诉讼的问题。不过，在大多数情况下，如果民事诉讼已经结束且判决已生效，行政诉讼中一般不再直接一并审理该民事争议，而是可能通过其他途径（如申请再审、提起新的民事诉讼等）解决。但若行政诉讼的审理结果直接影响民事争议的解决（如行政确认行为被撤销后，原基于该确认行为作出的民事判决可能失去基础），则法院可能依职权或应申请中止行政诉讼，待民事争议解决后再恢复行政诉讼。
3. 行政行为违法确认后：如果行政行为已经被确认违法，且该违法行政行为与民事争议存在直接关联（如行政机关违法征收土地导致土地使用权争议和赔偿争议），则可以在行政诉讼中一并审理相关民事争议，以高效、公正地解决纠纷。

三、实际操作建议

1. 收集证据：在申请一并审理民事争议时，应充分收集与民事争议相关的证据材料，以证明民事争议与行政诉讼的关联性。
2. 明确申请内容：在申请书中应明确说明一并审理的民事争议的具体内容、请求事项以及与行政诉讼的关联性。
3. 关注审理程序：在法院决定一并审理后，应关注审理程序的变化和要求，及时提交相关材料、参加庭审等。

最后，如果你在行政诉讼和民事诉讼中遇到了复杂的问题，特别是涉及行政行为违法和民事争议关联性的情况，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。