门市房改车库是否合法，需分情况讨论，主要取决于是否满足相关法律规定和程序要求。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、不合法的情况
违反规划用途：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主应按照不动产登记簿载明的用途使用不动产，不得擅自改变。若门市房在建设规划时明确为商业用途，而车库则是为停放车辆设计的，若未经相关部门批准，私自将门市房改为车库，即违反了规划用途，可能构成违法行为。
存在安全隐患：
- 车库的设计标准通常与门市房不同，特别是在消防、环保等方面。若门市房改造为车库后，未按照车库的标准进行相应改造，可能存在安全隐患。根据《中华人民共和国消防法》，公众聚集场所需通过消防安全检查方可投入使用。若改造后的车库不符合安全标准，特别是消防安全要求，将面临法律制裁。
侵犯其他业主或相关权益人权益：
- 如果门市房位于小区内，其改造可能涉及小区公共利益。将门市房改为车库可能引发噪音、异味、人员和车辆增加等问题，干扰其他业主正常生活。此外，如果门市房存在租赁关系，未经承租人同意擅自改变用途，也可能侵犯承租人的合法权益。依据《中华人民共和国民法典》，业主或相关权益人行使权利不得损害其他业主或相关权益人的合法权益，否则可通过业主委员会、相关权益人协商或诉讼途径维权。
二、合法的情况
若要将门市房合法改造为车库，需遵循以下步骤：
获得相关部门批准：
- 业主或使用人需向规划、建设、消防、环保等部门提出申请，经审核同意后方可改变用途。这包括向规划部门申请变更规划用途（如果可能的话），确保符合城市规划；向消防部门申请消防设计审核和验收，保证改造后的车库符合消防安全标准。
征得有利害关系业主或相关权益人的同意：
- 如果门市房位于小区内，改造前必须征得可能受影响的周边业主的同意，以保障他们的合法权益。如果存在租赁关系，还需征得承租人的同意。
符合相关法规和标准：
- 改造过程中需严格遵守相关法规和标准，如建筑结构安全、消防安全、环保要求等。确保改造后的车库既符合法律法规要求，又不对周边环境和秩序造成不良影响。
三、建议与总结
- 充分了解法律规定：在决定进行此类改造前，建议业主或使用人充分了解相关法律规定和程序要求，确保改造行为的合法性。
- 咨询专业人士：由于改造过程涉及多个部门和复杂程序，建议咨询建筑师、消防工程师等专业人士的意见，确保改造方案的科学性和可行性。
- 考虑其他业主或相关权益人权益：改造过程中应充分考虑其他业主或相关权益人的权益和安全因素，避免引发纠纷和投诉。
总之，门市房改车库是否合法取决于是否满足相关法律规定和程序要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。