法定产假结束后申请延期三个月的产假工资计算，需分情况讨论，具体如下：

1. 若延期申请符合地方性法规或政策规定
   部分地区（如广东、上海等）在法定产假基础上，允许因特殊原因（如难产、多胞胎、严重妊娠并发症等）申请延长产假，且延长部分视为“奖励假”或“地方性产假”。此时：

   • 工资支付标准：通常由用人单位按原工资标准（即产假前12个月平均工资）支付，但需注意：
     
     • 若地方性法规明确规定延长产假期间工资由生育保险基金支付（如广东部分地区），则按生育津贴标准发放；
       
     • 若未纳入生育保险覆盖范围（如部分灵活就业人员或未参保职工），则由用人单位全额承担。
       
   • 操作建议：需查阅当地《人口与计划生育条例》或《女职工劳动保护特别规定》，确认延长产假是否被纳入生育保险报销范围，并保留医院出具的延长产假医学证明。

2. 若延期申请缺乏法律依据，但用人单位同意
   若员工因个人原因（如身体恢复需要、育儿困难等）申请延长产假，且用人单位出于人文关怀同意，但该延长假期未被地方性法规明确规定，则：

   • 工资支付标准：属于“事假”或“无薪假”性质，用人单位可不支付工资；但若双方协商一致，可按约定比例（如基本工资的80%）支付，或以年休假、调休假抵扣。
     
   • 风险提示：用人单位需避免以“延长产假”名义变相降低工资，否则可能被认定为未足额支付劳动报酬，员工可据此主张经济补偿或要求补发工资。

3. 若延期申请因用人单位原因导致（如未安排返岗）
   若法定产假结束后，用人单位因岗位调整、人员短缺等原因未安排员工返岗，导致员工被迫延长假期，则：

   • 工资支付标准：用人单位需按原工资标准支付“待岗工资”（通常不低于当地最低工资标准的80%），直至返岗或劳动合同解除。
     
   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第12条，非因劳动者原因造成单位停工、停产期间，用人单位应支付待岗工资。

总结建议：

• 优先确认当地是否对延长产假有明确规定，并保留相关证明文件；
  
• 与用人单位书面协商延长产假期间的工资待遇，避免口头约定；
  
• 若发生纠纷，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张工资差额及合法权益。
  

如有进一步疑问（如具体地区政策、协商技巧等），可直接向我咨询。