结论：在明知实际施工人借用资质的情况下，款项能否直接支付给实际施工人，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况、合同条款以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
合同相对性原则：
- 通常情况下，合同具有相对性，即合同的权利和义务主要约束合同双方。在建设工程合同中，如果合同是发包方与被借用资质的单位（名义上的承包方）签订的，那么根据合同相对性原则，款项应当支付给名义上的承包方。
- 若发包方直接将款项支付给实际施工人，可能构成对合同相对性的突破，除非合同中有明确约定或法律另有规定。
借用资质的法律后果：
- 借用资质进行建设工程承包是违法的，这种行为可能面临行政处罚，甚至可能导致合同无效。
- 如果合同被认定为无效，那么基于该合同产生的付款义务也可能受到影响。在这种情况下，款项的支付可能需要根据实际施工情况、双方过错程度等因素进行重新确定。
实际施工人的权益保护：
- 尽管借用资质是违法的，但实际施工人作为工程的实际建设者，其劳动成果应当得到一定的保护。
- 在某些情况下，如果实际施工人能够证明其是工程的实际建设者，并且发包方明知或应知其借用资质的情况，实际施工人可能有权直接向发包方主张工程款。然而，这通常需要依据具体的法律法规和司法解释来判断。
司法实践中的考量：
- 在司法实践中，法院在处理此类案件时，会综合考虑多种因素，包括合同的签订和履行情况、双方当事人的过错程度、实际施工人的贡献等。
- 法院可能会根据公平原则和诚实信用原则，对款项的支付进行合理分配，以平衡双方当事人的利益。
法律建议：
- 对于发包方而言，在签订建设工程合同时，应严格审查承包方的资质和信誉，避免与借用资质的单位签订合同。如果发现承包方存在借用资质的情况，应及时采取措施，如解除合同、要求赔偿等，以降低法律风险。
- 对于实际施工人而言，应尽量避免借用资质进行工程承包。如果确实需要借用资质，应确保与名义上的承包方签订明确的协议，并保留好相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
- 在任何情况下，如果涉及款项支付问题，建议双方当事人先通过协商解决。如果协商不成，可以寻求法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
可能法律后果：
- 如果发包方直接将款项支付给实际施工人，而名义上的承包方对此提出异议，可能引发法律纠纷。发包方可能面临被名义上的承包方追索款项的风险。
- 如果实际施工人借用资质的行为被揭露，可能面临行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。同时，其签订的合同也可能被认定为无效，导致无法获得预期的工程款。
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