农村拆迁签订协议时，主要应找房屋所有人，但土地所有人的权益亦需在协议中体现或通过其他程序保障。具体分析如下：

1. 房屋拆迁补偿的核心对象是房屋所有人
   根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》及《土地管理法》相关规定，房屋拆迁补偿的直接对象是房屋所有权人。拆迁协议需明确房屋的权属、面积、补偿标准（如货币补偿、产权置换等）及搬迁期限等核心条款，这些内容均以房屋所有权登记或合法建造事实为依据。因此，签订拆迁协议的主体应为房屋所有人，若房屋存在共有情况（如夫妻共同财产、家庭共有财产），需全体共有人共同签署或授权代表签署。

2. 土地所有人的权益需通过土地征收程序保障
   农村拆迁通常涉及集体土地征收，土地所有权属于村集体经济组织。根据《土地管理法》第四十七条，土地征收需履行“两公告一登记”程序（征收土地公告、补偿安置方案公告、土地权属登记），并由县级以上人民政府与村集体签订《征收土地补偿协议》，明确土地补偿费、安置补助费等费用的分配。房屋所有人无需直接与土地所有人签订协议，但土地征收补偿款会通过村集体分配至被征地农户，分配方案需经村民会议或村民代表会议讨论决定。

3. 特殊情形下的协议签订主体

   • 宅基地使用权与房屋所有权分离：若房屋所有人非本村集体成员（如城镇居民购买农村房屋），因宅基地使用权不得向非集体成员转让，此类房屋可能面临“房地分离”处理。此时拆迁协议可能需房屋所有人与土地所有人（村集体）共同参与，但补偿标准可能因政策限制而低于合法宅基地房屋。
     
   • 历史遗留问题房屋：如未取得合法建房手续的房屋，拆迁时可能需先由行政机关认定房屋合法性，再确定补偿对象。若房屋被认定为违法建筑，可能仅补偿土地价值（归村集体），房屋部分不予补偿。

建议：

• 拆迁前务必核实房屋产权证书及土地权属证明，确认自身是否为合法权利人；
  
• 若对土地征收程序或补偿分配方案有异议，可要求村集体出示县级政府批准的征收文件及补偿安置方案；
  
• 涉及复杂权属纠纷（如继承、共有分割）时，建议提前通过民事诉讼或调解程序明确权属，避免影响拆迁协议签订。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或补偿标准计算问题。