在宅基地使用权人与房屋所有权人不一致的情况下，拆迁协议签订主体需根据具体情形确定，通常遵循“房地一体”原则并兼顾实际权属状况，具体如下：
以房屋所有权人为核心签订主体，但需宅基地使用权人配合或授权
根据《民法典》第357条及《土地管理法》相关规定，宅基地使用权与房屋所有权原则上“房地一体”，即房屋所有权人通常也是宅基地使用权人。但若二者分离（如房屋所有权人通过继承、买卖取得房屋但未变更宅基地使用权登记），拆迁协议签订主体需分情况处理：
- 若宅基地使用权人同意房屋所有权人签订协议：双方可共同签署拆迁协议，或宅基地使用权人出具书面授权委托书，明确由房屋所有权人代为签订协议并处理补偿事宜。
- 若宅基地使用权人不同意或无法联系：房屋所有权人需通过法律途径确认房屋权属（如提起确权诉讼），待法院判决明确房屋所有权后，再以所有权人身份签订协议；若宅基地使用权人已丧失民事行为能力（如死亡），则需其继承人参与协商或通过法定程序处理。
宅基地使用权人单独签订协议的情形（需严格限定条件）
若房屋所有权人明确放弃房屋补偿权益（如书面声明），或房屋因灭失、拆除等原因已不存在实际补偿价值，拆迁协议可仅由宅基地使用权人签订，但补偿内容需仅限于宅基地使用权部分（如土地补偿费、安置补助费），房屋补偿部分需单独说明归属。
法律依据：根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第2条（虽针对国有土地，但拆迁补偿逻辑可参照），补偿对象为“被征收房屋所有权人”，但宅基地使用权人作为土地权益人，在房屋权属与土地权属分离时，需通过协议明确双方补偿份额。
特殊情形：涉及共有或继承的复杂权属
- 共有房屋：若房屋为多人共有（如家庭共有），需全体共有人共同签订拆迁协议，或推选代表签订并附全体共有人授权书。
- 继承房屋：若房屋所有权人已去世，需先完成继承公证或诉讼，明确继承人范围后，由全体继承人共同签订协议；若部分继承人放弃继承，需出具书面放弃声明。
- 历史遗留问题：如因政策原因未办理宅基地使用权变更登记（如农村“一户一宅”限制），需结合当地政策及实际使用情况，由村委会或乡镇政府出具权属证明，作为签订协议的依据。
实务建议：
- 签订协议前，务必通过查询不动产登记簿、调取宅基地审批文件、核实房屋建造时间等方式，明确宅基地使用权与房屋所有权的实际归属。
- 若权属存在争议，建议先通过协商、调解或诉讼解决权属纠纷，再签订拆迁协议，避免因主体不适格导致协议无效或补偿款分配纠纷。
- 协议中需明确补偿款的分配方式（如土地补偿与房屋补偿分开计算）、支付对象及违约责任，必要时可要求公证或律师见证。
如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况进一步分析。