核心结论：农村建自来水机井占用退耕还林地，可能涉及违法占用林地、违反退耕还林政策等问题，需要从合法性审查、补救措施、法律责任承担等角度综合处理。以下是具体分析：
1. 合法性审查：是否符合法定程序
- 土地用途管制：根据《森林法》和《土地管理法》，退耕还林地属于林业用地，未经批准不得擅自改变用途。若建机井需占用，必须依法办理林地转用审批手续（如县级以上林业主管部门批准），并可能需缴纳森林植被恢复费。
- 政策合规性：退耕还林工程受《退耕还林条例》保护，若占用行为违反当地退耕还林规划或合同约定（如未完成补植、未达到验收标准），可能面临行政处罚或合同违约责任。
2. 补救措施：如何合法化占用行为
- 补办审批手续：若占用行为已发生但未审批，需立即停止施工，向当地林业主管部门申请补办手续，并提交项目必要性说明、土地权属证明、环境影响评估等材料。
- 异地补植或缴费：根据《森林法实施条例》，占用林地需“占一补一”，即通过异地造林或缴纳森林植被恢复费补偿生态损失。具体标准由省级政府制定。
3. 法律责任承担：可能面临的后果
- 行政责任：若未审批擅自占用，可能被责令限期恢复原状、罚款（按非法占用林地面积处每平方米10-30元罚款），甚至追究直接责任人员行政处分。
- 刑事责任：若占用面积较大（如达到10亩以上）或造成严重生态破坏，可能触犯《刑法》第三百四十二条【非法占用农用地罪】，处五年以下有期徒刑或拘役。
- 民事赔偿：若占用行为损害其他村民或集体利益（如破坏水源、影响农业灌溉），可能需承担民事赔偿责任。
4. 特殊情形处理
- 公共利益豁免：若机井属于农村饮水安全工程等公益项目，可依据《土地管理法》第五十四条申请划拨用地，但仍需履行林地审批程序。
- 历史遗留问题：若占用行为发生在退耕还林政策实施前（如2002年前），需结合当地政策处理，可能需通过行政协调解决而非直接处罚。
建议行动步骤：
- 立即停止施工，核查是否已取得林业、国土部门审批文件；
- 若未审批，尽快补办手续并准备补植方案；
- 咨询当地林业局或自然资源局，明确具体补偿标准；
- 若涉及纠纷，可申请乡镇政府调解或通过行政复议、诉讼途径解决。
如有进一步细节（如占用面积、是否已审批、当地政策等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的法律意见。