针对您提出的“确权耕地占了退耕还林怎么处理”的问题，这是一个涉及土地权属和政策法规的复杂问题，需要依据相关法律法规和政策进行细致处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、政策依据与原则
首先，我们需要明确的是，退耕还林地确权处理主要依据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国农村土地承包法》及《退耕还林条例》等相关法律法规。在处理过程中，我们应遵循依法依规、尊重历史、照顾现实、民主协商的原则，确保农民的知情权、参与权和监督权得到充分保障。
二、确权处理分类及具体方式
针对确权耕地占了退耕还林的情况，我们可以根据土地是否已颁发林权证及补贴情况进行分类处理：
已退耕还林并确权登记颁发了林权证的情况：
- 在这种情况下，应从农户承包土地中减除已退耕还林部分，并办理土地承包经营权注销登记，避免重复确权。这是依据《退耕还林条例》第四十七条的规定，确认林木（草）所有权，并依法办理土地变更登记。
已退耕还林但未颁发林权证的情况：
- 对于这类土地，我们需要按照程序进行确权登记，并颁发林权证。这是根据林权制度改革的规定，未颁发林权证的退耕还林地需进行确权登记，以明确权属。
既未取得林权证也未取得补贴的情况：
- 在这种情况下，我们应视为承包耕地管理，并按相关规定进行确权登记颁证。因为无林权证和补贴的土地，在法律上通常按承包耕地处理。
三、确权登记流程
无论哪种情况，确权登记流程都大致相同，包括以下几个步骤：
前期准备：
- 收集土地承包合同、林权证、退耕还林合同、农户身份证明等相关资料。
- 进行实地勘查，测量退耕还林地的位置、面积、四至界限，并绘制地形图和地块图。
申请与受理：
- 由土地承包经营者或林权所有者向县级林业部门或确权登记机构提出书面申请。
- 相关部门对申请材料进行初步审查，材料齐全则受理，不齐则一次性告知补充材料。
权属审核：
- 通过走访村民、查阅档案等方式，核实土地流转和退耕还林实施情况。
- 公示初步审核结果，不少于30日，接受社会监督并处理异议。
登记发证：
- 无异议后，由县级人民政府登记造册，录入不动产登记簿。
- 核发林权证或不动产权证书，明确权属。
四、争议处理
如果在确权过程中出现争议，我们可以按照以下步骤进行处理：
- 协商解决：首先由当事人双方协商解决，尝试达成共识。
- 调解处理：协商不成时，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府进行调解。
- 行政裁决：调解无果时，向县级以上林业或土地管理部门申请行政裁决。
- 诉讼解决：对行政裁决不服时，可依法向人民法院提起行政诉讼。
五、注意事项
在处理确权耕地占了退耕还林的问题时，我们还需要注意以下几点：
- 确保农民的权益得到充分保障，避免在确权过程中损害其利益。
- 严格按照法律法规和程序进行确权登记，确保结果的准确性和合法性。
- 对于存在争议的土地，应先解决争议再进行确权登记，以避免后续纠纷。
综上所述，处理确权耕地占了退耕还林的问题需要综合考虑多种情况，并严格遵循相关法律法规和程序。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。