认定合同中协议管辖与实际联系及分支机构的关系，核心在于判断协议管辖条款所选择的法院是否与争议存在实际联系，且分支机构签订的合同中协议管辖的效力需结合分支机构权限及法律规定综合判断。具体分析如下：

1. 协议管辖与实际联系的核心判断标准
   根据《民事诉讼法》第三十五条（原第三十四条），协议管辖需满足“与争议有实际联系”这一要件。实际联系通常指：

   • 合同签订地：合同在选定法院所在地签署；
     
   • 合同履行地：合同义务实际履行地（如交货地、服务提供地）在选定法院辖区；
     
   • 标的物所在地：合同标的物（如不动产、特定动产）位于选定法院辖区；
     
   • 当事人住所地：一方当事人（包括分支机构）的注册地或经常居住地在选定法院辖区；
     
   • 其他联系：如侵权行为地、登记地等与争议直接相关的地点。
     关键点：若协议选择的法院与上述任一地点无关联，可能因“无实际联系”被认定无效。

2. 分支机构签订合同中协议管辖的效力

   • 分支机构权限：若分支机构经总公司授权签订合同（包括协议管辖条款），且管辖约定符合实际联系要求，则有效；
     
   • 超越权限情形：若分支机构未经授权或超越权限约定管辖，可能因“无权代理”导致条款无效，但若总公司事后追认或相对方有理由相信其有权限（表见代理），则条款仍可能有效；
     
   • 独立法人资格：若分支机构为独立法人（如子公司），其签订的协议管辖条款效力独立判断，无需依赖总公司授权。
     关键点：需结合分支机构授权范围、合同性质及相对方善意与否综合认定。

3. 实务中的常见争议与风险防范

   • 争议点：部分法院可能对“实际联系”作严格解释（如仅认可合同履行地、标的物所在地），排除“当事人协商选择地”等宽泛解释；
     
   • 风险防范：
     
     • 在合同中明确约定实际联系地点（如“合同签订于A市，履行地为B市，双方约定由A市法院管辖”）；
       
     • 避免选择与争议无关联的“第三方法院”（如仅因方便诉讼而选择无实际联系的法院）；
       
     • 对分支机构授权时，明确其签订合同及约定管辖的权限范围，并留存书面授权文件。
       

总结：协议管辖的效力需以“实际联系”为核心，结合分支机构权限综合判断。建议签订合同时明确约定实际联系地点，并对分支机构授权进行规范，以降低管辖争议风险。若您遇到具体案件，可进一步提供合同条款及案件细节，我将为您详细分析管辖条款的效力及应对策略。