在合作协议中，确定管辖法院是确保纠纷能够得到公正、高效解决的重要一环。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合作协议的管辖主要涉及约定管辖和法定管辖两个方面，以下是对这两个方面的详细解析：
一、约定管辖
优先性：
- 合作协议的双方当事人有权在书面合同中明确约定管辖法院，这一约定具有优先效力。一旦约定合法有效，就应当按照该约定来确定管辖权。
形式与范围：
- 约定管辖必须以书面形式呈现，可以是合作协议中的管辖条款，也可以是双方签订的关于管辖的补充协议。
- 双方可以选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院作为管辖法院。
限制条件：
- 约定管辖不得违反级别管辖和专属管辖的规定。例如，对于不动产纠纷，法律规定了专属管辖，此时当事人的约定必须遵守这些特殊规定。
- 如果协议选择的法院与争议没有实际联系，或者违反了级别管辖和专属管辖的规定，该协议管辖条款将被视为无效。
举例：
- 假设A公司和B公司在合作协议中明确约定：“因本合作协议发生的争议，由合同签订地的C市D区人民法院管辖。”且该约定不违反级别管辖和专属管辖，那么一旦发生纠纷，就应当向C市D区人民法院提起诉讼。
二、法定管辖
一般原则：
- 如果合作协议中没有约定管辖条款，或者约定管辖无效，则按照法定管辖原则来确定管辖法院。
- 法定管辖原则主要包括被告住所地管辖和合同履行地管辖。
被告住所地管辖：
- 被告住所地通常指被告的户籍所在地，若户籍所在地与经常居住地不一致，则以经常居住地为准。
- 若存在多个被告，且各被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权，原告可以选择其中一个法院提起诉讼。
合同履行地管辖：
- 合同履行地的确定需要根据合伙业务的具体性质和实际履行情况来综合考虑。
- 如果合同没有实际履行，且当事人双方住所地都不在合同约定的履行地，则应由被告住所地人民法院管辖。
- 如果合同已实际履行，对于履行地点约定明确的，按照约定确定合同履行地；若对履行地点约定不明确，则根据争议标的的性质确定合同履行地。例如，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。
三、其他注意事项
管辖权异议：
- 当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议应当进行审查，并作出相应裁定。
上级法院指定管辖：
- 在管辖权存在争议的情况下，即多个法院都认为自己有管辖权或者都认为自己无管辖权时，由上级法院指定管辖以解决争议。
实际案例：
- 以A公司和B公司的合作协议为例，若双方在协议中明确约定由合同签订地的法院管辖，且合同在上海签订，那么上海有管辖权的法院就是处理双方纠纷的管辖法院。若协议中未约定管辖条款，而A公司作为原告起诉B公司要求支付合作款项（争议标的为给付货币），由于A公司是接收货币一方，因此A公司所在地的法院就具有管辖权。
综上所述，合作协议的管辖法院应根据双方的约定和法定管辖原则来确定。在实际操作中，建议当事人在签订合作协议时明确约定管辖法院，以避免后续的管辖争议。同时，当事人也应充分了解并遵守相关法律法规，以确保管辖约定的有效性和合法性，从而维护自身的合法权益。