结论：员工代替店长当经营者是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断，包括员工与店长及公司的关系、是否获得合法授权、是否违反公司规章制度或法律法规等。

详细分析：

1. 合法授权情况：

   • 如果员工经过公司正式授权，或者店长在合法范围内将经营权暂时或永久地委托给员工，且这种委托或授权符合公司章程、劳动合同或相关法律法规的规定，那么员工代替店长当经营者是合法的。
   • 例如，店长因长期出差或健康原因无法履行职责，公司正式任命某员工为临时店长，负责日常经营管理工作，这种情况下员工的行为是合法的。

2. 无合法授权情况：

   • 如果员工未经公司或店长合法授权，擅自以店长的身份进行经营活动，这可能构成违法行为。这种行为可能违反公司规章制度，损害公司利益，甚至可能涉及职务侵占、挪用资金等刑事犯罪。
   • 例如，员工私自以店长的名义签订合同、收取款项或进行其他经营活动，且未将所得收益交给公司，这种行为就是违法的。

3. 违反公司规章制度或劳动合同：

   • 即使员工获得了某种形式的“授权”，但如果这种授权违反了公司规章制度或劳动合同中的明确规定，员工的行为也可能被视为违法或违规。
   • 例如，公司规章制度明确规定，只有店长才有权签订特定类型的合同，而员工未经授权擅自签订了此类合同，即使其声称是“代替店长”，这种行为也是违法的。

4. 法律法规的特别规定：

   • 在某些特定行业或领域，法律法规可能对经营者的资格、权限等有特别规定。如果员工代替店长当经营者的行为违反了这些特别规定，那么这种行为也是违法的。
   • 例如，在金融行业，只有具备相应资质的人员才能从事特定的金融业务。如果员工未经授权擅自以店长的身份从事这些业务，就可能违反相关法律法规。

建议：

• 对于公司而言，应建立健全的授权和委托制度，明确各级管理人员的权限和职责，避免出现权限不清、责任不明的情况。
• 对于员工而言，应严格遵守公司规章制度和劳动合同的规定，未经合法授权不得擅自以他人的身份进行经营活动。
• 如果员工或公司遇到相关问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。

如有任何劳动工伤领域的法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽力为你提供帮助。