结论：缺岗5分钟扣2000元通常是不合理的，这一行为可能违反了相关法律法规中关于工资扣除和劳动纪律的规定。
分析：
从工资扣除的角度来看：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
- 在此情况下，即使员工缺岗5分钟给用人单位造成了经济损失，用人单位也不能随意扣除员工工资，且扣除的金额应受到上述规定的限制。缺岗5分钟便扣除2000元，显然远远超出了员工当月工资的20%，也极有可能低于当地月最低工资标准，因此这一行为是不合法的。
从劳动纪律的角度来看：
- 用人单位有权制定合理的劳动纪律和规章制度，以规范员工的行为。然而，这些规章制度必须合法、合理，且不得侵犯员工的合法权益。
- 缺岗5分钟便扣除2000元，这一处罚措施显然过于严厉，不符合劳动纪律制定的合理性和合法性原则。合理的劳动纪律应当考虑到员工的实际情况和过错程度，采取适当的处罚措施。
从实际操作的角度来看：
- 在实际操作中，用人单位应当通过合理的考勤管理和绩效评估来激励员工遵守劳动纪律，而不是采取过于严厉的处罚措施。
- 如果员工确实存在缺岗等违反劳动纪律的行为，用人单位可以与员工进行沟通，了解原因，并根据实际情况采取适当的处罚措施，如警告、罚款（但罚款金额应合理且符合法律法规规定）、扣减奖金等。
建议：
- 如果您遇到了类似的情况，首先应当与用人单位进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。
- 如果认为用人单位的扣除行为不合理或违法，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在未来的工作中，建议您严格遵守用人单位的劳动纪律和规章制度，避免出现缺岗等违反劳动纪律的行为，以免给自己带来不必要的麻烦和损失。
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