在大多数情况下，对被告单位及其法定代表人不起诉，是需要分别制作不起诉文书的。以下是对这一问题的详细分析：

法律文书制作的独立性

1. 被告单位与法定代表人的法律地位：被告单位和其法定代表人在法律上是两个独立的主体。被告单位是一个组织，而法定代表人则是代表该组织行使权利、履行义务的自然人。因此，在法律文书的制作上，应当分别体现这两个主体的法律地位和权利义务。

2. 不起诉决定的独立性：不起诉决定是检察机关对案件审查后作出的法律结论，它针对的是具体的犯罪嫌疑人或被告人。在单位犯罪的情况下，如果检察机关决定对被告单位和其法定代表人均不起诉，那么这两个不起诉决定应当是独立的，分别针对被告单位和其法定代表人作出。

不起诉文书的制作要求

1. 文书内容的针对性：不起诉文书应当明确、具体地阐述不起诉的理由和依据。对于被告单位和其法定代表人，由于他们在案件中的角色、行为、责任等方面可能存在差异，因此不起诉文书的内容也应当有所区别，以体现针对性和准确性。

2. 文书的法律效力：不起诉文书是检察机关作出的具有法律效力的决定，它对于被告单位和其法定代表人的权利义务产生直接影响。因此，为了确保文书的法律效力，应当分别制作针对被告单位和其法定代表人的不起诉文书。

实际操作中的考虑

1. 简化程序的可能性：虽然理论上需要分别制作不起诉文书，但在实际操作中，如果被告单位和其法定代表人的不起诉理由相同，且案件情况简单明了，检察机关可能会考虑在一份不起诉文书中同时阐述对两者的不起诉决定。然而，这种做法并不常见，且需要严格遵循法律程序和规定。

2. 保障当事人权益：分别制作不起诉文书有助于保障被告单位和其法定代表人的合法权益。通过明确的文书内容，他们可以清晰地了解检察机关的不起诉决定及其理由，从而更好地维护自己的权益。

建议：在实际操作中，为了确保法律文书的准确性和法律效力，以及保障当事人的合法权益，建议检察机关分别制作针对被告单位和其法定代表人的不起诉文书。如果对具体案件中的不起诉文书制作有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律意见。