关于“单位和主要负责人不起诉是一个不起诉书还是分开”的问题，我可以明确给出以下结论：

单位和主要负责人如果需要提起不起诉申请，通常是分别进行，即提交各自的不起诉书。

接下来，我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 法律主体独立性：

   • 单位和主要负责人在法律上是独立的主体。单位作为一个法人实体，有其独立的法律地位和权利义务；而主要负责人则是作为自然人，同样享有其个人的法律地位和权利义务。
   • 因此，当涉及不起诉申请时，单位和主要负责人需要分别根据自己的情况和意愿，各自提交不起诉书。

2. 不起诉申请的针对性：

   • 不起诉申请是针对特定的法律行为或事实提出的，每个主体可能基于不同的理由和事实提出不起诉申请。
   • 单位和主要负责人的不起诉理由和事实可能各不相同，因此需要分别阐述和提交。

3. 法律程序的规范性：

   • 在法律程序中，为了确保申请的明确性和有效性，通常要求申请人分别提交各自的申请材料。
   • 将单位和主要负责人的不起诉申请合并提交，可能会导致申请内容混淆、理由不明确等问题，从而影响申请的受理和审查。

综上所述，单位和主要负责人如果需要提起不起诉申请，应当分别进行，即提交各自的不起诉书。这样做既符合法律主体的独立性原则，又能确保申请的明确性和有效性。如果你在这方面有进一步的问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。