针对您提出的“竞业限制期为二年，超过一年诉讼时效怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十四条的规定，竞业限制的期限在解除或终止劳动合同后，对于高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员，到与本单位有竞争关系的其他用人单位或自己开业生产、经营同类产品、从事同类业务的，竞业限制期限不得超过二年。这是法律的强制性规定，任何超出此期限的竞业限制约定都是无效的。

接下来，针对您提到的“超过一年诉讼时效”的情况，这里需要澄清一个概念：诉讼时效与竞业限制期限是两个不同的法律概念。诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求利益的时效制度。而竞业限制期限则是法律对竞业限制行为的时间限制。

1. 如果竞业限制协议约定的期限超过二年：

   • 超出二年的部分，因为违反了法律的强制性规定，所以是无效的。例如，如果协议约定了三年竞业限制期，那么第三年的条款就是无效的。
   • 在这种情况下，即使超过了您所说的“一年诉讼时效”（实际上，对于竞业限制协议的违约行为，诉讼时效的计算可能涉及多个因素，如违约行为的持续时间、权利人知道或应当知道违约行为的时间等，不能简单以“一年”来概括），但超出二年的部分仍然无效，不受诉讼时效的影响。

2. 关于诉讼时效的适用：

   • 如果在竞业限制期限内（即二年内），企业认为员工违反了竞业限制协议，并希望追究其法律责任，那么企业需要在法定的诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁。
   • 同样地，如果员工认为企业未按照协议支付经济补偿或存在其他违约行为，也需要在法定的诉讼时效期间内主张自己的权利。

3. 建议：

   • 对于企业而言，应严格遵守法律的强制性规定，将竞业限制期限设定为不超过二年，以避免法律风险。
   • 对于员工而言，在签订竞业限制协议时，应仔细审查协议期限，确保自己的权益不受侵害。如果发现协议期限超过二年，可以主张无效并要求企业修正。
   • 无论是企业还是员工，在涉及竞业限制协议的纠纷时，都应及时咨询专业律师的意见，以维护自己的合法权益。

综上所述，竞业限制期限超过二年的部分是无效的，不受诉讼时效的影响。在处理竞业限制协议纠纷时，应重点关注协议期限的合法性以及诉讼时效的适用问题。