结论：三个月没休息但公司已支付加班费的情况下，员工是否还能补休，需分情况讨论。一般来说，若加班属于工作日延长工作时间或休息日加班且已支付加班费，则通常不再安排补休；但若属于法定节假日加班，即使支付了加班费，员工仍有权要求补休（不过实践中法定节假日加班一般不安排补休而是支付更高比例的加班费）。以下为详细分析：
一、加班类型与补休、加班费的关系
工作日延长工作时间：
- 根据《劳动法》第四十四条，工作日延长工作时间的，用人单位应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬作为加班费。
- 此种情况下，通常不安排补休，因为加班费已经是对员工额外劳动的补偿。
休息日加班：
- 休息日安排员工工作又不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。
- 若已支付加班费，则通常不再安排补休。但这里有一个前提，即“不能安排补休”的情况下才支付加班费。如果用人单位能够安排补休，则应优先安排补休，而不是支付加班费。不过，一旦加班费已经支付，就视为用人单位选择了支付加班费的方式，而非补休。
法定节假日加班：
- 法定节假日安排员工工作的，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬作为加班费。
- 法定节假日加班，员工有权要求补休（尽管实践中很少这样操作，因为法定节假日的加班费更高，且通常被视为对员工牺牲休息时间的额外补偿）。但严格来说，法律并未禁止法定节假日加班后安排补休，只是要求支付更高的加班费。不过，从员工权益保护的角度出发，法定节假日加班后安排补休并不常见，且员工有权拒绝（如果用人单位试图以补休替代加班费）。
二、实际操作中的建议
查看劳动合同和公司规章制度：
- 劳动合同或公司规章制度中可能对加班、补休和加班费有具体规定。员工应首先查看这些文件，了解自己的权益和公司的义务。
与用人单位沟通：
- 如果员工希望补休而非加班费，或对公司的加班费支付和补休安排有疑问，应与用人单位进行沟通，明确表达自己的诉求。
保留证据：
- 员工应保留好加班记录、加班费支付凭证等证据，以备不时之需。如果发生劳动争议，这些证据将至关重要。
寻求法律帮助：
- 如果员工与用人单位在加班、补休和加班费问题上无法达成一致，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律咨询和代理服务，帮助员工维护自己的合法权益。
三、特殊情况说明
- 如果公司未支付加班费：则员工有权要求公司支付加班费，并可能根据具体情况要求补休（尽管这通常不是主要诉求，因为加班费是更直接的补偿）。
- 如果公司既未支付加班费也未安排补休：则员工可以通过法律途径维护自己的权益，包括向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
总之，三个月没休息但公司已支付加班费的情况下，员工是否还能补休取决于加班的类型和公司的具体安排。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。