结论：当纪委委托的二审工程结算施工单位不认可时，可以通过协商、申请第三方鉴定、提起诉讼或仲裁等途径来解决争议。

详细分析：

1. 协商解决：

   • 背景：在工程结算出现争议时，首先应当考虑的是通过友好协商的方式解决。这种方式成本较低，且有助于维护双方的关系。
   • 建议：施工单位可以与纪委或相关委托方进行沟通，明确表达不认可的原因，并提供相应的证据和理由。双方可以共同探讨解决方案，如重新核对工程量、调整单价等，以达成共识。

2. 申请第三方鉴定：

   • 背景：如果协商无果，施工单位可以申请第三方鉴定机构对工程结算进行鉴定。第三方鉴定机构通常具有专业的技术和经验，能够提供客观、公正的鉴定意见。
   • 建议：施工单位应选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构，并按照鉴定机构的要求提供相关资料和证据。鉴定结果出来后，双方可以根据鉴定结果进行协商或进一步采取法律手段。

3. 提起诉讼或仲裁：

   • 背景：如果协商和第三方鉴定均无法解决争议，施工单位可以考虑通过法律途径解决。根据合同约定或相关法律法规，可以选择提起诉讼或申请仲裁。
   • 建议：
     • 诉讼：施工单位可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求确认工程结算金额或撤销不合理的结算结果。在诉讼过程中，施工单位需要提供充分的证据来支持自己的主张。
     • 仲裁：如果合同中约定了仲裁条款，施工单位可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活，且仲裁裁决具有法律效力，双方应当履行。

4. 法律后果与风险防范：

   • 法律后果：如果施工单位不认可工程结算结果且未采取有效措施解决争议，可能会面临被追讨工程款、承担违约责任等法律后果。
   • 风险防范：施工单位在签订合同时应明确约定工程结算的方式、标准和争议解决方式等条款，以降低争议发生的风险。同时，在施工过程中应妥善保管相关证据和资料，以便在争议发生时能够提供有力的支持。

进一步行动建议：

• 施工单位在处理此类争议时，应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击等不利于解决问题的行为。
• 施工单位可以寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的权利和义务，以及争议解决的最佳途径和策略。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。