结论：单位是否扣工资与保险公司是否赔偿之间没有直接关联，保险公司是否赔偿主要取决于保险合同的具体条款以及是否满足理赔条件。以下分情况详细说明：

1. 如果是单位为员工购买的商业保险（如团体意外险、雇主责任险等）
   • 保险合同约定是关键：保险公司是否赔偿，首先要看保险合同中约定的理赔范围、理赔条件等。例如，在团体意外险中，通常约定被保险人在保险期间内遭受意外伤害，保险公司按照合同约定给付保险金。只要员工的情况符合合同约定的理赔条件，比如发生了意外事故导致受伤，且在保险期间内，保险公司就应当进行赔偿，与单位是否扣工资没有关系。
   • 理赔流程和材料：员工需要按照保险公司的要求提供相关的理赔材料，如保险单、事故证明、医疗费用发票等。单位在这个过程中可能需要协助员工提供一些证明材料，但这并不影响保险公司基于合同条款进行理赔的判断。
2. 如果是员工自己购买的商业保险（如个人意外险、医疗险等）
   • 个人保险的独立性：员工自己购买的保险，其理赔完全取决于个人与保险公司签订的保险合同。单位不扣工资这一情况不会对保险公司的理赔产生任何影响。只要员工发生的事故或疾病符合保险合同中规定的理赔情形，就可以向保险公司申请赔偿。
   • 理赔申请主体：员工是保险合同的被保险人，也是理赔申请的主体。员工需要自行收集和整理理赔所需的材料，并向保险公司提交理赔申请。
3. 如果是涉及社会保险（如工伤保险）
   • 工伤保险的法定性：工伤保险是一种社会保险，其目的是保障员工在工作中遭受事故伤害或患职业病时能够获得医疗救治和经济补偿。只要员工被认定为工伤，符合工伤保险的理赔条件，社会保险经办机构就会按照规定给予相应的赔偿，与单位是否扣工资无关。
   • 工伤认定和申报：单位需要在规定的时间内为员工申请工伤认定。如果单位未按规定申请，员工或其近亲属也可以在一定期限内自行申请。工伤认定是获得工伤保险赔偿的前提条件，只有被认定为工伤，才能享受工伤保险待遇。

建议：如果遇到保险公司拒赔的情况，要仔细查看保险合同条款，了解拒赔的原因是否合理。如果认为保险公司的拒赔理由不成立，可以与保险公司协商解决；协商不成的，可以通过法律途径维护自己的合法权益。要是你在保险理赔方面还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。