结论前置：员工擅自离职，用人单位仍需支付其应得的工资，但有权要求员工对因其离职造成的经济损失进行赔偿。

一、工资支付的法律原则

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一原则明确了无论员工离职的原因如何，只要其提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。因此，即使员工擅自离职，用人单位也不能剥夺其获得劳动报酬的权利。

二、工资支付的具体情况

1. 已完成工作的报酬：

   • 用人单位需按员工实际出勤天数或完成工作量核算工资，不得因擅自离职而拒付全部工资。例如，若员工月薪为6000元，工作至当月15日擅自离职，应支付半个月工资约3000元（扣除法定扣减项后）。

2. 加班工资：

   • 若员工在离职前有加班情况，用人单位还需依法支付加班工资。具体标准如下：工作日加班支付不低于工资的150%；休息日加班且不能安排补休的，支付不低于工资的200%；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%。

三、用人单位的权利与救济途径

1. 经济损失赔偿：

   • 若员工擅自离职给用人单位造成损失，根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位有权要求员工进行赔偿。赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，公司因紧急招人产生中介费5000元，可要求员工按比例分摊（需证据支持）。

2. 证据留存与追偿：

   • 用人单位应妥善保存员工的考勤记录、工作成果记录、经济损失证明等相关证据，以便在需要时证明损失并主张赔偿。若损失较大，用人单位还可通过协商或诉讼途径追偿。

四、特殊情况说明

• 旷工与自动离职的区别： 部分公司将连续旷工视为“自动离职”，但需符合以下条件：规章制度经民主程序制定并公示；员工知晓旷工后果；公司已履行催告义务（如发送返岗通知）。即使认定为旷工，仍需支付截至最后出勤日的工资。

五、操作建议

1. 用人单位：

   • 及时结算工资，避免法律风险；
   • 通过邮件、短信等方式固定员工擅自离职的证据；
   • 如涉及损失追偿，保留相关凭证（如合同、财务记录等）；
   • 加强内部管理，完善劳动合同和规章制度，明确员工离职的相关程序和责任。

2. 员工：

   • 主动与单位沟通，尽量协商解决；
   • 确认工资结算明细，避免被不合理扣款；
   • 如对扣款有异议，可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。

六、法律依据

• 《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条、第九十条
• 《中华人民共和国劳动法》第五十条
• 《工资支付暂行规定》第十六条

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