当包工头跑了导致农民工工资被拖欠时，农民工的工资应由以下主体来支付，具体分析如下：
直接责任主体：包工头
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十二条，个人之间形成劳务关系，提供劳务一方因劳务受到损害的，根据双方各自的过错承担相应的责任。在此情境下，农民工与包工头之间形成了劳务关系，包工头作为接受劳务的一方，有义务支付农民工的工资。
- 实际操作：尽管包工头跑了，但农民工仍应首先尝试通过合法途径联系包工头，要求其支付工资。如果包工头拒绝支付或无法联系，农民工可以采取其他法律手段。
间接责任主体：建筑施工企业或总承包企业
- 法律依据：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第三十六条，建设单位或施工总承包单位将建设工程发包或分包给个人或不具备合法经营资格的单位，导致拖欠农民工工资的，由建设单位或施工总承包单位清偿。
- 若包工头挂靠有资质的建筑公司，根据相关规定，被挂靠企业也需承担连带清偿责任。
- 实际操作：农民工可以向所在工地的建筑施工企业或直接向总承包企业提出工资支付要求。这些企业有义务核实情况，并在包工头无法支付工资的情况下，承担清偿责任。
其他可能责任主体：建设单位或发包方
- 法律依据：根据《建设领域农民工工资支付管理暂行办法》，若建设单位或发包方未按照合同约定及时拨付工程款，导致农民工工资被拖欠，他们负有先行垫付的责任，垫付数额以未结清的工程款为限。
- 实际操作：在特定情况下，如果建设单位或发包方存在过错，如未按时支付工程款，农民工也可以向他们主张工资支付。
维权途径：
- 协商调解：优先尝试与包工头、建筑施工企业或总承包企业进行协商，寻求和平解决之道。
- 行政投诉：向当地劳动监察部门或人力资源和社会保障部门投诉，这些部门有权对用人单位工资支付情况进行监督检查，并责令其支付拖欠的工资。
- 劳动仲裁：收集好能证明劳动关系和工资数额等的相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条等，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 法院诉讼：如果劳动仲裁不予受理或者对仲裁结果不服，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。获得生效判决后，如果对方仍不履行支付义务，可以向法院申请强制执行。
- 法律援助：对于经济困难的农民工，可以向法律援助机构申请法律援助，由专业律师帮助其维权。
注意事项：
- 保留证据：在整个维权过程中，农民工应始终保留好相关证据，包括但不限于劳动合同、工资单、工时记录、工友证言等，以便在需要时证明自己的诉求合理合法。
- 时效意识：劳动仲裁需在知道权利被侵害之日起一年内提出，民事诉讼时效为三年。因此，农民工应及时采取行动，避免错过维权时机。
综上所述，当包工头跑了导致农民工工资被拖欠时，农民工应明确责任主体，积极寻求政府部门帮助，并通过法律途径维权。同时，保留好相关证据并注意时效问题也是解决问题的关键。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。