结论：在行政起诉中，一般不能直接要求法院修改违法合同的补充协议，但可以通过请求行政机关履行查处职责，间接推动合同或补充协议的修改或无效认定。

1. 行政起诉的直接目的与限制
   行政起诉的核心是监督行政机关依法履行职责，而非直接调整民事合同关系。若您认为行政机关未依法查处违法合同（如合同存在欺诈、胁迫、违反强制性规定等情形），起诉的直接诉求应是要求法院判决行政机关履行查处职责（如作出行政处罚、撤销违法行政行为等），而非直接修改合同或补充协议。法院在行政诉讼中通常不会直接介入民事合同内容的修改，这属于民事纠纷范畴。

2. 通过行政查处间接推动合同修改的路径
   若行政机关依法对违法合同进行查处（例如认定合同无效、撤销违法许可等），可能间接导致合同或补充协议失去法律效力。此时，您可依据行政机关的查处结果，在后续民事诉讼中主张合同无效或撤销，进而推动合同内容的调整。例如：

   • 若合同因违反法律强制性规定被行政机关认定无效，法院在民事诉讼中会依据该结论判决合同无效，补充协议自然失效；
     
   • 若行政机关撤销了合同涉及的行政许可（如建设工程施工许可证），合同可能因无法履行而被解除或修改。

3. 民事诉讼与行政诉讼的衔接
   若您的核心诉求是修改合同或补充协议，更直接的途径是提起民事诉讼，主张合同存在法定无效或可撤销情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），并请求法院判决修改或撤销相关条款。行政起诉可作为辅助手段，通过推动行政机关查处违法行为，为民事诉讼提供证据支持（如行政处罚决定书可作为合同违法的证明）。

4. 实务建议

   • 明确诉求：区分行政诉讼与民事诉讼的边界，若目标是修改合同，优先考虑民事诉讼；若目标是督促行政机关查处违法行为，则选择行政诉讼。
     
   • 证据收集：在行政起诉中，重点提供合同违法性的证据（如违反的法律法规、行政机关的违法许可等），以支持要求行政机关履职的诉求。
     
   • 程序衔接：若行政机关查处后未主动推动合同修改，可凭行政决定书在民事诉讼中主张合同无效或撤销，形成“行政-民事”双重救济路径。

总结：行政起诉本身不直接修改合同，但可通过推动行政机关查处违法行为，为后续民事诉讼提供依据，最终实现合同内容的调整。具体操作需结合合同违法性质、行政机关职责范围及诉讼策略综合设计。如有进一步疑问，可提供合同具体违法情形，我将为您分析更具体的操作路径。