在非法吸收公众存款（非吸）案件中，员工的工资底薪是否需要退回，主要取决于其对公司违法行为的知情程度、参与程度以及工资与非法活动的关联性。以下是对此问题的详细分析：
无需退还底薪的情况
对公司违法无意识：
- 如果员工在不知情的情况下，正常履行工作职责并获取合理劳动报酬，包括底薪部分，这些通常不需要退还。因为员工是在善意且无知的状态下提供劳动，其获取的报酬是合法的。例如，一名普通的行政人员，其工作职责与非法吸收公众存款活动无直接关联，且对公司违法行为不知情，那么其底薪通常无需退还。
能证明底薪与非法资金无必然联系：
- 如果员工能够证明自己所获得的底薪并未与非法吸收的资金存在直接必然的因果联系，那么这部分底薪也无需退还。这需要员工提供充分的证据来支持其主张，如工资条、银行流水等，证明底薪的来源和发放与非法活动无关。
需要退还底薪（或部分收入）的情况
明知参与非吸活动：
- 如果员工明知公司在进行非法吸收公众存款的违法犯罪行为，仍然积极参与，如设计、推广非法吸存的理财产品，或者作为业务员直接拉客户投资等，那么其基于该非法活动所获取的工资、奖金、提成等收入，包括底薪部分（如果底薪与非法业务有直接关联或作为非法活动的激励的一部分），司法机关可能会认定为违法所得，要求员工予以退还。
底薪与非法活动关联明显：
- 若员工的底薪构成中包含了因参与非法活动而获得的额外收益，或者底薪的发放与非法集资罪行关联明显（如底薪根据非法吸收的资金量进行浮动调整），那么这些收益或底薪的超额部分通常需要退还。具体退还金额及计算方式，需根据工资构成、当事人角色作用、主观故意等多层面深入分析后确定。
超额收入部分：
- 即使员工并非明知公司的非法行为，但如果其工资收入（包括底薪）明显高于同行业、同岗位的正常水平，且这种高额薪酬是为了吸引员工参与非法吸存活动而设置的，那么高出正常水平的工资部分（可能包括底薪的超额部分）可能会被要求退还。
法律标准与司法实践
- 是否属于“违法所得”：判断员工工资（包括底薪）是否需要退还的关键在于其是否属于“违法所得”。如果工资是基于非法吸收公众存款的犯罪行为而获取的，那么应当依法予以追缴退还。
- 综合考量多种因素：司法实践中，司法机关会综合考虑员工的岗位、职责、参与程度、主观认知以及工资收入构成等多方面因素来具体判定工资退还的范围和比例。
应对建议
- 积极配合调查：如员工面临工资退还的调查或要求，应积极配合司法机关的工作，如实陈述事实，提供证据证明自身无过错或减轻责任。
- 寻求法律帮助：在处理此类问题时，员工可以向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律建议和指导，帮助员工维护自身合法权益。
- 保留关键证据：员工应保存好劳动合同、工资条、银行流水、沟通记录等关键证据，以证明工资的合法性和与非法活动的无关联性。
总结来说，非吸员工的工资底薪是否需要退还取决于多种因素的综合考量。在处理此类问题时，员工应积极配合司法机关的调查工作，并提供充分的证据来证明自己的清白或减轻责任。同时，也可以直接向我咨询以获取准确、具体的法律建议和指导。