针对您提出的“违规使用农民工工资专户支付材料款怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、明确违规性质

首先，需要明确的是，农民工工资专用账户是专为确保农民工工资能够按时、足额发放而设立的专项存款账户。根据《工程建设领域农民工工资专用账户管理暂行办法》的明确规定，该账户的资金必须专项用于支付工程建设项目中农民工的工资，严禁将资金挪作他用，包括支付材料款等其他任何款项。因此，违规使用农民工工资专户支付材料款，属于明确的违法行为。

二、违规后果及处理措施

1. 行政责任：

   • 对于违反规定使用农民工工资专户资金的施工总承包单位，相关部门将依法责令其限期改正。
   • 若逾期未改正，将面临项目停工的处罚，并可能被处以5万元以上10万元以下的罚款。

2. 民事赔偿责任：

   • 因挪用工资专户资金导致农民工工资无法按时支付的，施工总承包单位、建设单位等责任主体需承担连带赔偿责任。
   • 这意味着，除了需要支付被拖欠的农民工工资外，还可能需要承担由此产生的其他经济损失和法律责任，如农民工的误工费、精神损失费等。

三、正确做法与建议

1. 严格遵守法律法规：

   • 施工总承包单位和分包单位应严格遵守相关法律法规，不得将农民工工资专用账户的资金用于支付材料款等其他费用。

2. 设立专门账户：

   • 如需支付材料款等费用，应通过其他正规的、专门的账户进行支付，确保各类款项的收支管理清晰明了，避免混淆和挪用。

3. 加强内部管理：

   • 各相关单位应建立健全内部财务管理制度，加强对农民工工资专户的资金监管，确保资金的安全和合规使用。

4. 及时整改与报告：

   • 若已发生违规使用农民工工资专户资金的情况，应立即停止违规行为，并尽快整改。同时，应向相关部门报告违规情况，积极配合调查和处理工作。

四、总结与提醒

农民工工资专户是保障农民工合法权益的重要制度设计，其资金必须严格按照规定使用，不得挪作他用。各相关单位应切实提高法律意识，加强资金管理，确保农民工工资的按时足额发放。同时，也提醒广大农民工朋友，若发现自己的工资被拖欠或挪用，应及时向相关部门投诉举报，维护自己的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。