结论：公司以劳务派遣、不是公司员工为由不认可已盖章的离职补偿协议书，这一行为是否有效需分情况讨论，关键在于协议签订时双方的真实身份关系及协议内容是否合法合规。

分析如下：

1. 若您确实属于劳务派遣员工，但协议签订时公司未明确告知或存在误导：

   • 法律背景：根据《劳动合同法》及相关规定，劳务派遣员工与用工单位（即实际工作单位）之间不存在直接的劳动合同关系，而是与劳务派遣单位存在劳动关系。然而，这并不意味着用工单位可以完全免除其作为实际工作场所管理者的责任，尤其是在涉及员工权益的协议签订上。
   • 法律建议：若公司在签订离职补偿协议时未明确告知您劳务派遣的身份，或存在误导行为使您误以为与公司存在直接劳动关系，您有权主张该协议在签订时存在重大误解或欺诈，从而要求法院或仲裁机构撤销或变更该协议。同时，您也可以向劳务派遣单位主张相应的权益，因为劳务派遣单位作为您的用人单位，有义务保障您的合法权益。

2. 若您确实属于劳务派遣员工，且协议签订时双方均明确知晓：

   • 法律背景：在此情况下，如果离职补偿协议是您与劳务派遣单位（而非用工单位）签订的，且协议内容合法合规，那么用工单位以“不是公司员工”为由不认可该协议是合理的，因为该协议对其无法律约束力。但如果您是与用工单位签订的协议，且用工单位在签订时明知您为劳务派遣员工，这可能构成对劳务派遣关系的违反，协议效力可能因此受到影响。
   • 法律建议：首先，确认协议是与谁签订的。如果是与劳务派遣单位签订，且协议内容合法，那么您应向劳务派遣单位主张权益。如果是与用工单位签订，且用工单位在签订时明知您的劳务派遣身份，您可以考虑通过法律途径主张协议的有效性，并要求用工单位履行协议义务。同时，您也可以向劳务派遣单位反映情况，要求其协助解决。

3. 协议内容合法性及履行情况：

   • 法律背景：无论您与谁签订协议，协议的内容都必须合法合规，且双方应按照协议约定履行各自的义务。如果协议内容存在违法之处，或者一方未按照协议约定履行义务，另一方有权要求法院或仲裁机构确认协议无效或要求对方承担违约责任。
   • 法律建议：仔细审查协议内容，确认是否存在违法之处或未履行的义务。如果存在，您可以考虑通过法律途径主张自己的权益。同时，保留好协议原件及相关证据，以便在需要时提供证明。

后续行动建议：

• 收集证据：包括离职补偿协议书、劳务派遣合同、工作证明、工资单等，以证明您的身份关系及协议签订时的实际情况。
• 咨询专业意见：由于劳动纠纷涉及复杂的法律关系和证据认定，建议您在采取行动前咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的权益。
• 考虑法律途径：如果与公司协商无果，您可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决纠纷。

可能法律后果：

• 如果法院或仲裁机构认定协议有效，公司需按照协议约定履行义务，否则需承担违约责任。
• 如果法院或仲裁机构认定协议无效或可撤销，您可能无法直接依据协议主张权益，但可以根据实际情况向劳务派遣单位或用工单位主张相应的赔偿或补偿。

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