针对您提出的“签完劳动纠纷协议，员工又不承认”的问题，这确实是一个在劳动纠纷处理中可能遇到的复杂情况。以下是我从多个角度为您分析的解答：

1. 协议内容合法性审查：

   • 核心要点：首先，需要审查劳动纠纷协议的内容是否合法合规。如果协议中存在违反法律法规强制性规定的条款，如剥夺员工合法权益、要求员工从事违法活动等，该协议可能被视为无效。
   • 法律建议：您应仔细审查协议内容，确保所有条款均符合法律法规的规定。如果发现协议存在违法条款，应及时与员工沟通，协商修改或重新签订协议。

2. 签订程序合法性审查：

   • 核心要点：劳动纠纷协议的签订需要遵循一定的程序，如双方协商一致、签字盖章等。如果签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，或者未按照法定程序进行，协议也可能被认定为无效。
   • 法律建议：您应确保协议的签订过程合法合规，保留好签订过程中的相关证据，如协商记录、签字盖章的原件等。如果员工声称签订过程存在欺诈或胁迫，您应提供相反证据予以反驳。

3. 主体资格审查：

   • 核心要点：签订劳动纠纷协议的双方必须具备相应的主体资格。如果一方不具备签订劳动合同的主体资格，如公司未依法注册成立、员工未满法定就业年龄等，协议也将被视为无效。
   • 法律建议：您应确认双方是否具备签订协议的主体资格，如公司是否依法注册成立、员工是否达到法定就业年龄等。如果发现主体资格存在问题，应及时采取措施予以纠正。

4. 证据收集与整理：

   • 核心要点：在劳动纠纷案件中，证据的充分性和有效性至关重要。如果员工不承认签订了劳动纠纷协议，您需要提供足够的证据证明协议的存在和有效性。
   • 法律建议：您应尽可能收集与协议相关的所有证据，包括协议原件、复印件、签订过程的录音录像、证人证言等。这些证据将有助于证明协议的存在和有效性，以及您在签订过程中的合法权益。

5. 应对员工不承认的策略：

   • 核心要点：如果员工不承认签订了劳动纠纷协议，您可以采取多种策略来应对，如与员工进行沟通协商、寻求第三方调解或仲裁、提起诉讼等。
   • 法律建议：
     • 沟通协商：首先尝试与员工进行友好沟通，了解其不承认协议的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
     • 第三方调解或仲裁：如果沟通协商无果，您可以考虑寻求第三方调解或仲裁机构的帮助，以更公正、客观的方式解决纠纷。
     • 提起诉讼：如果其他方式均无法解决问题，您可以向法院提起诉讼，要求法院对协议的效力进行审查，并作出相应判决。

6. 法院处理方式及结果分析：

   • 核心要点：如果案件进入诉讼阶段，法院将对劳动纠纷协议的效力进行审查，并根据审查结果作出相应判决。即使协议不被承认，但如果您能提供其他证据证明与员工之间存在事实劳动关系，法院仍可能认定双方存在劳动关系。
   • 法律建议：在诉讼过程中，您应积极配合法院的审理工作，提供充分的证据证明自己的主张。同时，您也应尊重法院的判决结果，并按照判决履行自己的义务。

总结来说，面对员工不承认签订劳动纠纷协议的情况，您应首先审查协议的合法性、签订程序的合法性以及双方主体资格；其次，收集并整理相关证据；然后，根据具体情况采取沟通协商、第三方调解或仲裁、提起诉讼等策略；最后，积极配合法院的审理工作并尊重判决结果。 如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。