核心结论：员工不按公司规定提交项目资料，公司可先通过内部沟通与制度完善解决问题；若无效，可依据劳动合同、规章制度进行纪律处分；若造成损失，可依法追偿；必要时可解除劳动合同。以下是具体分析：

1. 内部沟通与制度完善

• 沟通了解原因：公司应首先与员工进行沟通，了解其未提交资料的具体原因（如疏忽、技术障碍、对规定不理解等）。通过沟通，可以明确问题根源，避免因误解或信息不对称导致的管理冲突。
• 完善制度与培训：若问题源于制度不明确或员工对规定不熟悉，公司应完善相关制度，明确提交资料的时间、方式、内容等要求，并组织员工培训，确保员工知晓并理解规定。

2. 依据劳动合同与规章制度进行纪律处分

• 劳动合同约定：若劳动合同中明确规定了员工需按时提交项目资料的义务，以及未履行义务的后果（如警告、扣薪、解除合同等），公司可依据合同约定对员工进行纪律处分。
• 规章制度规定：公司规章制度中若对提交资料有具体规定，且该制度已通过民主程序制定并公示，公司可依据规章制度对员工进行相应处理。处理时需确保程序合法，如提前告知员工、听取其陈述申辩等。

3. 依法追偿损失

• 损失证明：若员工未提交资料导致公司遭受实际损失（如项目延期、客户索赔等），公司需收集相关证据（如合同、损失计算依据、员工未提交资料的记录等），证明损失与员工行为之间的因果关系。
• 追偿途径：公司可依据《民法典》中关于侵权责任的规定，要求员工赔偿因未履行义务导致的损失。若员工拒绝赔偿，公司可通过劳动争议仲裁或诉讼途径解决。

4. 解除劳动合同（极端情况）

• 严重违反规章制度：若员工未提交资料的行为构成严重违反公司规章制度（如多次未提交、拒不改正、导致公司重大损失等），公司可依据《劳动合同法》第三十九条的规定，解除与员工的劳动合同，且无需支付经济补偿。
• 程序合法性：解除劳动合同前，公司需确保已履行法定程序，如提前通知工会、告知员工解除理由、出具解除证明等，以避免因程序违法导致解除无效。

5. 预防措施与建议

• 建立监督机制：公司可建立项目资料提交的监督机制，如定期检查、设置提醒等，确保员工按时提交资料。
• 激励与约束并重：公司可通过设立奖励机制（如优秀员工评选、奖金等）鼓励员工按时提交资料，同时通过纪律处分约束员工行为。
• 法律风险评估：在处理此类问题时，公司可咨询专业律师，对可能涉及的法律风险进行评估，确保处理方式合法合规。

总结：员工不按公司规定提交项目资料，公司应首先通过沟通与制度完善解决问题；若无效，可依据劳动合同与规章制度进行纪律处分；若造成损失，可依法追偿；在极端情况下，可解除劳动合同。处理时需确保程序合法，避免法律风险。如有具体问题，欢迎随时向我咨询。