若申请人收到行政机关“不予受理”的回复，可按以下步骤处理，具体需结合不予受理的理由和程序合法性进行判断：

1. 核查不予受理的法律依据和程序合法性
   首先需确认行政机关作出“不予受理”决定时，是否明确引用了具体的法律条款（如《行政处罚法》《行政许可法》等），并说明不予受理的具体事由（如申请材料不全、不属于管辖范围、超过法定期限等）。若行政机关未依法说明理由或引用法律错误，该决定可能因程序违法被撤销。

2. 针对不同事由的应对策略

   • 若因申请材料不全被拒：
     根据《行政许可法》第32条或《行政处罚法》相关程序规定，行政机关应一次性告知申请人需补正的内容。若未履行告知义务，申请人可补充材料后再次申请，或以“程序违法”为由提起行政复议或诉讼。
     
   • 若因不属于管辖范围被拒：
     需核实该行政机关是否确实无管辖权。若属于其他部门职责，可要求行政机关出具书面移送函或告知具体受理部门；若行政机关推诿职责，可向上级机关投诉或直接提起复议/诉讼。
     
   • 若因超过法定期限被拒：
     需审查申请期限是否确实届满。例如，行政处罚的举报期限通常为2年（特殊情形除外），若行政机关以“超期”为由拒不查处，需提供证据证明未超期（如持续违法行为的证据）。

3. 救济途径的选择

   • 行政复议：
     自收到“不予受理”决定之日起60日内，向上一级行政机关或同级政府申请复议，要求撤销原决定并责令受理。
     
   • 行政诉讼：
     若复议未果或直接选择诉讼，可在知道不予受理决定之日起6个月内提起行政诉讼，请求法院判决行政机关履行查处职责或确认不予受理行为违法。
     
   • 投诉举报：
     若涉及行政不作为或滥用职权，可向纪检监察机关或上级部门投诉，推动内部监督。

4. 证据固定与文书准备
   无论选择何种途径，均需固定关键证据：

   • 保存“不予受理”的书面决定或录音、录像等证明材料；
     
   • 整理申请材料、送达回执等证明已依法提出申请的证据；
     
   • 收集与案件相关的其他证据（如违法行为存在的照片、视频、证人证言等）。

提示：行政机关“不予受理”的决定并非终局，其合法性需接受司法审查。若对处理程序或法律依据存疑，可直接向我咨询，我会结合具体案情分析救济路径的可行性。