法院在行政案件中立案理由与结案理由不一致，并不直接等同于违反法律规定，但需根据具体情况判断其合法性与合理性。以下从多个角度进行详细分析：

1. 立案与结案理由不一致的合法性基础

• 法律程序的灵活性：在行政诉讼中，立案阶段法院主要审查原告的起诉是否符合法定条件（如主体资格、诉讼请求、事实依据等），而结案阶段则是对案件实体和程序进行全面审查后作出的最终判断。因此，立案理由与结案理由可能因案件审理过程中的新证据、新事实或法律适用变化而有所调整，这种调整本身并不必然违法。

• 法律适用的动态性：行政案件往往涉及复杂的法律关系和法律适用问题。在审理过程中，法院可能发现立案时初步认定的法律关系或法律适用存在偏差，从而根据更充分的证据和更准确的法律理解调整结案理由。这种调整是法院依法行使审判权的表现，符合法律精神。

2. 立案与结案理由不一致的合理性判断

• 程序正当性：虽然立案与结案理由可以不同，但法院在调整理由时必须遵循程序正当原则，确保当事人充分行使诉讼权利，如举证、质证、辩论等。如果法院在未充分听取当事人意见或未给予合理辩论机会的情况下擅自改变理由，则可能构成程序违法。

• 实体公正性：结案理由的调整应基于对案件事实的全面、客观、公正审查，确保实体判决的公正性。如果法院因主观偏见、错误理解法律或忽视关键证据而改变理由，导致判决结果显失公正，则可能违反法律原则和精神。

3. 具体情形下的分析

• 立案理由错误但结案理由正确：如果法院在立案时因信息不全或理解偏差而错误认定了案件性质或法律关系，但在审理过程中通过深入调查和准确适用法律纠正了错误，并作出了正确的结案理由，这种情形下立案与结案理由的不一致是合理的，不违反法律规定。

• 立案理由正确但结案理由错误：相反，如果法院在立案时正确认定了案件性质和法律关系，但在审理过程中因疏忽、偏见或错误适用法律而改变了理由，并作出了错误的判决，这种情形下立案与结案理由的不一致则是不合理的，可能违反法律规定。

4. 当事人的救济途径

• 上诉与申诉：如果当事人认为法院在行政案件中立案与结案理由不一致且存在违法或不合理情形，可以通过上诉或申诉等法定途径寻求救济。上级法院将对原判决进行全面审查，包括立案与结案理由的合法性与合理性，并依法作出裁决。

总结与建议：

法院在行政案件中立案理由与结案理由不一致并不直接违法，但需根据具体情况判断其合法性与合理性。作为当事人，如果遇到此类情况，应仔细分析法院调整理由的依据和过程，确保自身诉讼权利得到充分保障。如有疑问或认为法院判决存在违法或不合理情形，可及时向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。