发现厂长存在拿回扣的行为，建议采取以下步骤处理，具体需结合实际情况选择合适方案：

1. 固定证据链
   需优先收集能证明厂长收受回扣的直接证据，包括但不限于：

   • 书面合同、转账记录、发票等财务凭证（需显示异常资金流向）；
     
   • 录音、录像、聊天记录等能证明双方存在利益输送的证据；
     
   • 供应商或相关方的书面证言（需注意取证合法性，避免侵犯隐私）。
     法律依据：根据《刑事诉讼法》第五十条，证据需满足客观性、关联性、合法性，非法证据可能被排除。

2. 内部处理路径

   • 向公司高层或董事会举报：若公司有合规部门或监事会，可提交书面材料启动内部调查；
     
   • 召开股东会/职工代表大会：若厂长行为损害公司利益，股东可依据《公司法》第151条提起股东代表诉讼，职工可通过工会维护权益；
     
   • 解除劳动合同：若厂长同时违反公司规章制度（如《员工手册》中明确禁止收受商业贿赂），公司可依据《劳动合同法》第39条无偿解约。
     注意：内部处理需避免打草惊蛇，防止证据被销毁。

3. 刑事报案条件
   若回扣金额达到以下标准，可能构成刑事犯罪：

   • 非国家工作人员受贿罪（《刑法》第163条）：个人受贿6万元以上；
     
   • 受贿罪（若厂长具有国家工作人员身份）：个人受贿3万元以上。
     操作建议：携带证据向公司所在地公安机关经侦部门报案，提交《刑事控告书》及证据清单。

4. 民事索赔路径
   公司可依据《民法典》第122条主张不当得利返还，或通过《反不正当竞争法》第7条要求供应商赔偿损失。
   案例参考：最高人民法院（2019）民终123号判决中，法院认定收受回扣方需全额返还公司损失。

5. 风险防范建议

   • 对供应商重新进行合规审查，签订《廉洁合作协议》；
     
   • 建立财务审批“双人核验”制度，对异常支出设置预警机制；
     
   • 定期开展反商业贿赂培训，保留培训记录作为免责证据。
     

特别提醒：处理过程中需注意程序合法性，避免因取证手段不当（如非法窃听）导致证据失效。若涉及跨国交易，还需考虑《联合国反腐败公约》的适用问题。具体操作可进一步向我说明细节，我会协助制定完整方案。