员工手册中规定员工需赔偿其特定的违纪行为给公司造成的损失，这一规定的合法性及有效性需分情况讨论：

1. 合法性基础：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。这为员工手册中设定赔偿条款提供了法律基础，但前提是劳动合同中需有相关约定，且赔偿需与员工的过错程度、损失大小相适应。

2. 有效性条件：

   • 劳动合同约定：员工手册中的赔偿规定应与劳动合同中的相关条款相一致，或至少不与之冲突。若劳动合同中未提及赔偿，而员工手册中突然增加，可能因缺乏合同依据而被视为无效。
   • 合理性审查：赔偿金额应合理，不得超过员工因违纪行为所应承担的责任范围。例如，若员工因疏忽导致公司轻微损失，却要求其赔偿巨额款项，显然不合理，可能被法院或仲裁机构调整或驳回。
   • 程序合法性：员工手册的制定和修改应遵循民主程序，即需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。若员工手册的制定或修改未遵循此程序，其中的赔偿规定可能因程序违法而无效。

3. 实际操作建议：

   • 明确约定：在劳动合同中明确约定员工因违纪行为给公司造成损失时的赔偿方式和标准，确保有法可依。
   • 合理设定：赔偿金额应设定在合理范围内，与员工的过错程度和损失大小相匹配，避免过度索赔。
   • 程序合规：制定或修改员工手册时，确保遵循民主程序，充分听取员工意见，保障员工的知情权、参与权和表达权。
   • 证据保留：在要求员工赔偿时，公司应保留充分的证据证明员工的违纪行为和公司的实际损失，以便在争议发生时提供有力支持。

总结来说，员工手册中规定员工需赔偿其特定的违纪行为给公司造成的损失，在符合劳动合同约定、合理性审查以及程序合法性的前提下，是合法有效的。但公司在实际操作中应谨慎处理，确保赔偿规定的合法性和合理性，避免引发不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。