用人单位的制度规定员工违反操作规程给单位造成的损失由员工赔偿，这一规定本身并不直接违法，但具体实施时需遵循相关法律规定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合法性基础

• 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。这意味着，如果劳动合同或单位规章制度中明确规定了员工因违反操作规程造成损失需赔偿，且该规定不违反法律法规，那么这一规定是合法的。

2. 限制条件

• 赔偿金额限制：即使员工需要赔偿，赔偿金额也有严格限制。用人单位可以从劳动者本人的工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
• 规章制度合法性：用人单位制定的规章制度必须合法，不得违反国家法律、行政法规及政策规定，不得侵犯劳动者合法权益。如果规章制度本身违法或侵犯劳动者权益，那么该规定将不受法律保护，且用人单位可能面临劳动行政部门的警告和改正命令。

3. 实际操作建议

• 明确约定：用人单位应在劳动合同或规章制度中明确规定员工因违反操作规程造成损失需赔偿的具体情形、赔偿方式和赔偿限额，以确保规定的合法性和可操作性。
• 合理赔偿：在要求员工赔偿时，用人单位应确保赔偿金额合理，不得过度剥夺员工的劳动报酬，以维护员工的合法权益。
• 证据收集：用人单位在要求员工赔偿前，应收集充分的证据证明员工的违规行为与损失之间的因果关系，以及损失的具体金额，以确保赔偿请求的合法性和有效性。

4. 法律后果

• 如果用人单位未按照法律规定要求员工赔偿，或者赔偿金额超过法定限制，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位纠正违法行为并支付应得的劳动报酬。
• 如果用人单位的规章制度违法或侵犯劳动者权益，除了可能面临劳动行政部门的处罚外，还可能因员工提起的民事诉讼而承担赔偿责任。

总结来看，用人单位的制度规定员工违反操作规程给单位造成的损失由员工赔偿，在符合法律法规和劳动合同约定的前提下是合法的。但用人单位在实施这一规定时，必须严格遵守相关法律规定，确保赔偿金额的合理性，并维护员工的合法权益。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。