公安部门立案后，合同是否还有效，这主要取决于合同本身的性质、内容以及立案的原因，不能一概而论。以下从几个不同角度进行分析：

1. 合同本身合法有效，立案原因与合同无关：

   • 如果合同本身是合法有效的，且公安部门立案的原因与合同内容、履行等无关，那么合同的效力通常不会受到影响。例如，双方签订了一份合法的买卖合同，后来因为其他不相关的事情被公安部门立案调查，这并不会影响买卖合同的效力。

2. 合同涉及违法犯罪行为，立案原因与合同直接相关：

   • 如果合同本身涉及违法犯罪行为，如诈骗、走私等，且公安部门立案的原因正是基于这些违法犯罪行为，那么合同的效力可能会受到影响。在这种情况下，合同可能被视为无效合同，因为违法犯罪行为违反了法律的强制性规定，合同自始不具有法律效力。
   • 举例来说，如果双方签订了一份看似合法的买卖合同，但实际上是为了掩盖走私行为，那么当公安部门因走私行为立案调查时，这份买卖合同就很可能被认定为无效合同。

3. 合同部分条款违法，立案原因与违法条款相关：

   • 如果合同中的部分条款违反了法律、行政法规的强制性规定，而公安部门立案的原因正是基于这些违法条款，那么这些违法条款将被视为无效，但合同的其他部分如果仍然合法有效，则不受影响。
   • 例如，合同中约定了高额的违约金，超过了法律规定的上限，当公安部门因涉及经济犯罪（如合同诈骗）立案调查时，虽然高额违约金的条款可能无效，但合同的其他部分（如商品交付、价款支付等）如果仍然合法，则继续有效。

法律建议：

• 如果您面临公安部门立案调查，且担心合同效力问题，首先应当仔细审查合同内容，确定合同是否涉及违法犯罪行为或违法条款。
• 如果合同本身合法有效，且立案原因与合同无关，您可以继续履行合同或根据合同约定主张权利。
• 如果合同涉及违法犯罪行为或违法条款，建议您及时咨询专业律师，评估合同效力及可能面临的法律风险，并采取相应的法律措施。

可能法律后果：

• 如果合同被认定为无效合同，您可能无法根据合同约定主张权利，甚至可能面临返还财产、赔偿损失等法律责任。
• 如果合同部分条款无效，您可能需要根据法律规定和合同约定，对无效条款进行调整或重新协商，以确保合同的合法性和有效性。

总之，公安部门立案后合同是否还有效，需要根据具体情况进行判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。