结论：在交通事故肇事者逃逸且已认定工伤，但工伤科不报销医药费的情况下，您可以根据不同情况向肇事者、工伤保险基金或用人单位主张医药费赔偿。

分析说明：

1. 向肇事者主张赔偿：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十六条，机动车驾驶人发生交通事故后逃逸，该机动车参加强制保险的，由保险人在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿；机动车不明、该机动车未参加强制保险或者抢救费用超过机动车强制保险责任限额，需要支付被侵权人人身伤亡的抢救、丧葬等费用的，由道路交通事故社会救助基金垫付。然而，这并不免除肇事者的最终赔偿责任。在肇事者被查获后，您有权向其主张包括医药费在内的全部损失赔偿。
   • 实际操作：您应尽快向公安机关报案，并配合调查以查获肇事者。一旦肇事者被查获，您可以通过民事诉讼途径向其主张赔偿，包括医药费、误工费、护理费等。

2. 向工伤保险基金主张赔偿（在特定条件下）：

   • 法律依据：虽然工伤科初步不报销医药费，但根据《工伤保险条例》的相关规定，如果工伤是由于第三人的原因造成的，且第三人不支付工伤医疗费用或者无法确定第三人的，工伤保险基金应先行支付。
   • 实际操作：您需要向工伤科提供肇事者逃逸且无法联系或拒不支付医药费的证据，如公安机关的立案证明、肇事者无法查找的说明等。工伤科在审核后，如果认为符合先行支付的条件，会启动先行支付程序。

3. 向用人单位主张赔偿（在工伤保险基金不支付且用人单位有过错的情况下）：

   • 法律依据：根据《工伤保险条例》及相关司法解释，如果用人单位未依法缴纳工伤保险费，或者因用人单位的过错导致工伤保险基金不支付工伤医疗费用的，劳动者有权向用人单位主张赔偿。
   • 实际操作：您需要收集证据证明用人单位存在过错，如未依法缴纳工伤保险费、未及时申报工伤等。然后，您可以通过劳动争议仲裁或民事诉讼途径向用人单位主张赔偿。

行动建议：

• 立即报案：向公安机关报案，并配合调查以查获肇事者。
• 收集证据：收集与事故相关的所有证据，包括医疗记录、费用清单、公安机关的立案证明等。
• 咨询工伤科：再次咨询工伤科，了解不报销医药费的具体原因，并询问是否符合先行支付的条件。
• 考虑法律途径：如果肇事者无法查获或拒不支付医药费，且工伤保险基金不支付，您可以考虑通过民事诉讼途径向肇事者或用人单位主张赔偿。

后续思考：

• 在处理此类案件时，及时收集和保存证据至关重要。这包括医疗记录、费用清单、公安机关的立案证明、肇事者信息等。
• 如果肇事者逃逸且无法查获，您可能需要考虑通过法律途径向道路交通事故社会救助基金申请垫付部分费用（如果当地有此类基金且符合申请条件）。
• 在整个过程中，保持与工伤科、公安机关和潜在被告方的沟通，及时了解案件进展和可能的解决方案。

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