在工作时间突发疾病，一般情况下不能直接通过劳动仲裁来主张权益，但若符合特定条件（如构成工伤），则可以依法享受工伤保险待遇，并通过劳动仲裁等途径维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下的处理

在工作时间突发疾病，如果并未导致死亡或48小时之内经抢救无效死亡，那么这种情况通常不被视为工伤。根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤的认定需要满足一定的条件，如工作时间和工作场所内因工作原因受到事故伤害，或者工作时间前后在工作场所内从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害等。而单纯的突发疾病，并不直接符合这些工伤认定的条件。

二、构成工伤的特殊情况

然而，如果员工在工作时间和工作岗位上突发疾病死亡，或者在48小时之内经抢救无效死亡，那么这种情况将被视为工伤。此时，员工的家属可以依法享受工伤保险待遇，包括丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金等。

具体处理流程：

1. 及时救治与报告：员工突发疾病后，应立即送医救治，并同时向用人单位报告。
2. 工伤认定申请：用人单位应在员工死亡或被诊断为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果用人单位未按时提出申请，员工或其近亲属、工会组织可以在1年内直接提出申请。
3. 劳动仲裁（如需）：如果用人单位与员工或其家属在工伤保险待遇方面存在争议，可以依法申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将根据相关法律法规和事实情况，作出公正的裁决。

三、非工伤情况下的权益保障

如果员工在工作时间突发疾病并不构成工伤，那么员工仍然可以享受基本的医疗保险待遇。此外，如果员工因病需要休息，还可以根据用人单位的规章制度和劳动合同的约定，享受病假工资或医疗期等相关待遇。

四、建议与提醒

1. 及时了解政策：员工应了解国家和地方关于工伤保险和医疗保险的相关政策，以便在需要时能够及时维护自己的权益。
2. 保留证据：在突发疾病后，员工应保留好相关的医疗证明、费用单据等证据，以便在申请工伤保险待遇或进行劳动仲裁时能够提供有力的支持。
3. 寻求法律帮助：如果员工或其家属在处理此类问题时遇到困难或争议，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总之，在工作时间突发疾病是否可以通过劳动仲裁来主张权益，取决于是否构成工伤。如果构成工伤，则可以依法享受工伤保险待遇，并通过劳动仲裁等途径维护自身权益；如果不构成工伤，则员工可以享受基本的医疗保险待遇和其他相关待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。