结论：乙方将商铺部分柜台租于第三方所收取的租金归属问题，需根据合同约定、法律规定以及双方实际行为来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同有明确约定时：

   • 租金归属：如果甲乙双方在租赁合同中明确约定了乙方不得将商铺部分或全部转租，或者明确约定了转租情况下租金的归属（如全部归甲方、按比例分配等），则应按照合同约定执行。
   • 法律后果：若乙方违反合同约定转租并收取租金，甲方有权要求乙方承担违约责任，包括但不限于要求乙方返还租金、支付违约金等。

2. 合同无明确约定，但法律有规定时：

   • 租金归属：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。承租人转租的，承租人与出租人之间的租赁合同继续有效；第三人造成租赁物损失的，承租人应当赔偿损失。在未经出租人同意的情况下转租，出租人有权解除合同。但关于转租租金的归属，法律并未直接规定，通常应视为承租人（乙方）的违约所得。
   • 法律后果：若乙方未经甲方同意转租，甲方有权解除合同，并要求乙方返还因转租获得的租金，同时可能要求乙方承担其他违约责任。

3. 合同与法律均无明确约定，但双方有实际行为时：

   • 租金归属：如果双方在合同中没有明确约定转租租金的归属，且法律也没有直接规定，但甲方在知道或应当知道乙方转租后，未表示反对，甚至在一定时间内接受了乙方转租的事实（如未提出异议、继续收取乙方租金等），可能被视为甲方对乙方转租行为的默许。在这种情况下，租金的归属可能需要根据双方的实际行为、交易习惯以及公平原则等因素来综合判断。但通常情况下，未经明确同意的转租行为，租金仍应归甲方所有或由双方协商分配，因为乙方违反了租赁合同的初衷和目的。
   • 法律建议：为避免纠纷，双方应在合同中明确约定转租的条件、程序以及租金的归属等问题。如果发生转租情况，应及时与对方沟通并达成书面协议。

4. 特殊情况考虑：

   • 甲方同意转租但未约定租金归属：如果甲方同意乙方转租，但双方未就租金归属达成约定，那么租金的归属可能需要根据双方的实际贡献、市场行情以及公平原则等因素来协商确定。
   • 乙方转租行为构成无权处分：如果乙方未经甲方同意，擅自将商铺部分柜台转租给第三方，且该转租行为构成无权处分（如乙方对商铺的租赁权已到期或存在其他限制），那么甲方有权要求乙方和第三方返还商铺，并可能要求乙方承担因无权处分造成的损失。

综合建议：

• 审查合同：首先审查甲乙双方签订的租赁合同，看是否有关于转租和租金归属的明确约定。
• 沟通协商：如果合同没有明确约定，建议双方进行沟通协商，尝试达成书面协议以明确租金的归属。
• 寻求法律帮助：如果双方无法达成一致意见，或者存在其他复杂情况（如甲方不知情、乙方拒绝返还租金等），建议及时咨询专业律师（即我本人，谢瑛律师，专注于房产纠纷领域），以便根据具体情况提供法律建议和解决方案。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。