关于项目风险抵押金扣本金是否合法的问题，需分情况讨论：

1. 商业合作与经济合同中的合法情形：

   • 在商业合作或经济合同中，若双方基于平等自愿、协商一致的原则，在合同中明确约定了风险抵押金的支付、用途及退还方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么风险抵押金的设立及扣本金（在合同约定的条件下）通常是合法的。例如，在企业承包经营或租赁经营中，承包方或承租方按合同约定缴纳风险抵押金，用于担保合同履行或赔偿可能出现的损失，此时若发生合同约定的扣本金情形，则属于合法操作。

2. 特定行业与情况下的合法使用：

   • 在某些特定行业，如建筑施工领域，风险抵押金可能被用作保证工程质量、安全或补偿潜在风险的机制。若该风险抵押金的收取和使用符合相关行业规定，并经过了相关监管部门的批准，那么在其设定的合法范围内扣本金也是合法的。

3. 不合法情形：

   • 用人单位向劳动者收取风险抵押金：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者时，不得要求劳动者提供担保或以其他名义向劳动者收取财物，包括风险抵押金。因此，若用人单位以此名义向劳动者收取风险抵押金，并在未满足法定条件的情况下扣本金，则属于违法行为。
   • 违反法律法规强制性规定：若风险抵押金的收取和使用违反了其他法律法规的强制性规定，如没有合法依据随意设立收费项目，或存在擅自挪用、侵占等行为，则扣本金同样属于不合法行为。

法律建议：

• 在签订涉及风险抵押金的合同时，务必明确约定风险抵押金的金额、用途、退还方式及扣本金的具体条件，以确保合同的合法性和有效性。
• 在使用风险抵押金前，建议进行合规性审查，咨询专业律师或相关监管部门，确保其行为符合法律法规的要求。
• 若发生风险抵押金扣本金的情况，应仔细审查合同条款及法律法规，确保扣本金的行为合法合规。若存在争议或违法行为，可依法维护自身权益。

可能法律后果：

• 若风险抵押金的扣本金行为合法合规，则双方应按合同约定履行义务，不存在法律后果。
• 若风险抵押金的扣本金行为违法，则可能面临劳动行政部门的责令退还、罚款等行政处罚，若造成损害还需承担赔偿责任。同时，违法行为还可能影响企业的信誉和形象，对企业的长期发展产生不利影响。

如有具体项目风险抵押金扣本金的问题或疑虑，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和建议。