当检察院第二次退回案件且最终决定不起诉时，这通常意味着案件在经过两次补充侦查后，检察院认为证据仍然不足或者不符合起诉的条件。针对这种情况，以下是一些详细的解答和建议：
一、理解不起诉决定的含义
首先，需要明确不起诉决定并不意味着犯罪嫌疑人完全无罪，而是指在当前证据条件下，检察院认为无法构成犯罪指控或者不符合起诉的法定标准。不起诉决定分为法定不起诉和存疑不起诉两种，具体取决于案件的具体情况和法律规定。
二、分析不起诉的可能原因
- 证据不足：尽管经过两次补充侦查，但证据可能仍然存在瑕疵、不完整或未达到起诉的证明标准。
- 案件疑难复杂：案件可能涉及大量证据材料、复杂的法律关系或专业技术问题，导致检察院难以作出起诉决定。
- 特殊情况：如存在不可抗力因素（如疫情）或外部因素干扰（如群体性事件、社会关注度高），可能影响案件的办理进度。
三、应对不起诉决定的措施
咨询律师：
- 聘请专业律师，了解不起诉决定的具体原因和法律依据。
- 律师可以协助分析案件，提供法律意见，并探讨是否有必要进一步采取法律行动。
申请复议或申诉：
- 如果认为不起诉决定有误，可以向作出不起诉决定的检察院提出复议申请。
- 也可以向上一级人民检察院申诉，要求其依法审查并督促下级检察院重新处理案件。
关注新证据的出现：
- 如果在不起诉决定作出后，发现了新的证据，且这些证据符合起诉条件，可以向检察院提供，并申请重新提起公诉。
配合司法机关的工作：
- 尽管案件被不起诉，但仍应保持与司法机关的沟通，了解案件后续处理情况。
- 如果司法机关需要进一步的协助或信息，应积极配合提供。
四、保障自身权益
保留证据：
- 妥善保留与案件相关的所有证据材料，以备不时之需。
- 这些证据可能在未来的复议、申诉或重新起诉过程中发挥重要作用。
了解法律程序：
- 深入了解刑事诉讼的相关法律程序，以便更好地维护自己的合法权益。
- 知道在何时、何地、如何提出复议或申诉，以及需要准备哪些材料。
保持耐心与理性：
- 司法程序复杂且需要时间，应保持耐心并积极配合司法机关的工作。
- 避免采取任何违法手段干扰司法程序，以免给自己带来不必要的麻烦。
五、特殊情况下的处理
- 如果案件涉及特殊情况（如不可抗力因素或外部因素干扰），应关注这些因素的消除情况，并在条件成熟时及时与司法机关沟通，推动案件的重新处理。
综上所述，当检察院第二次退回案件且最终决定不起诉时，应积极了解不起诉决定的具体原因和法律依据，并采取相应措施来维护自己的合法权益。同时，也应保持耐心和理性，遵守法律法规，配合司法机关的工作。