村委会以三年没交租金为由告企业侵占土地，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同关系角度：

   • 如果企业与村委会之间存在土地租赁合同，且合同中明确规定了租金的支付方式和期限，那么企业未按照合同约定支付租金，确实构成了违约行为。在此情况下，村委会有权依据合同条款，通过法律途径追究企业的违约责任，包括要求支付租金、解除合同以及要求企业返还土地等。
   • 若合同中明确约定了未交租金构成侵占土地的情形，或者合同到期后企业未续租也未返还土地，村委会的起诉则可能基于合同条款的明确约定，具有合法性。

2. 土地使用权角度：

   • 土地使用权是法律赋予土地使用者依法对土地进行占有、使用、收益和有限处分的权利。如果企业原本就拥有该土地的使用权（如通过出让、转让等方式取得），并且其使用权未因未交租金而被依法撤销或终止，那么村委会仅凭企业未交租金就主张其侵占土地，可能缺乏法律依据。
   • 在此情况下，村委会的起诉可能不成立，因为企业并未非法侵占土地，而是可能存在租金支付上的违约行为。

3. 法律程序角度：

   • 无论村委会的起诉是否合法，其都必须遵循法律程序进行。这包括向有管辖权的人民法院提起诉讼、提交相关证据材料、遵守诉讼时效等。如果村委会未按照法律程序进行起诉，或者其起诉缺乏必要的证据支持，那么其起诉可能不会被法院受理或支持。

4. 建议与行动：

   • 对于企业而言，如果收到村委会的起诉状，应首先审查自己与村委会之间的合同关系以及土地使用权情况。如果确实存在未交租金的情况，应尽快与村委会协商解决，以避免法律纠纷的进一步升级。
   • 如果企业认为村委会的起诉缺乏法律依据或存在其他争议点，可以积极应诉并提交相关证据材料以支持自己的主张。
   • 在整个过程中，建议企业咨询专业律师的意见，以确保自己的合法权益得到充分保障。

综上所述，村委会以三年没交租金为由告企业侵占土地是否合法，取决于企业与村委会之间的合同关系、土地使用权情况以及法律程序等多个因素。因此，无法直接给出“合法”或“不合法”的明确结论。如果企业面临此类纠纷，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。