关于损害违法建筑如何赔偿的问题，这确实是一个复杂且需要细致分析的情况。首先，我们要明确的是，违法建筑因其违反了相关的法律法规，通常在拆除时是不予补偿的。但具体到赔偿问题，还需考虑多种特殊情形。
一、一般情况下违法建筑的赔偿原则
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规，对于认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑，在拆除时原则上是不予补偿的。这是因为这些建筑未取得合法的建设审批手续，违反了城乡规划等相关法律法规，因此不具备获得补偿的法律基础。
二、特殊情形下的赔偿可能性
程序违法导致的赔偿：
- 如果行政机关在拆除违法建筑的过程中存在程序违法，比如未按法定程序进行催告、作出拆除决定、举行听证等，导致当事人的合法权益受到损害，那么当事人有权要求行政机关进行赔偿。这种赔偿主要针对因程序违法给当事人造成的直接损失，如建筑内合法财产的损坏等。
历史原因造成的违法建筑：
- 对于因历史原因形成的违法建筑，虽然它们缺乏完备的审批手续，但在当时的政策和管理环境下可能具有一定的合理性。在处理这类建筑时，政府可能会根据实际情况给予适当的补偿，以体现对历史遗留问题的灵活处理和对当事人合理权益的尊重。
可回收利用材料的补偿：
- 在拆除违法建筑时，建筑材料本身仍具有价值。如果行政机关未能妥善处理这些可回收利用的材料，导致当事人遭受损失，那么当事人可以要求对这部分材料的价值进行补偿。例如，钢材、砖块等建筑材料在拆除后本可回收利用，但行政机关若随意破坏或丢弃，则当事人有权就材料的价值主张赔偿。
三、赔偿金额的确定与协商
- 在特殊情形下，违法建筑的赔偿金额和方式需根据具体情况进行协商和确定。这可能涉及建筑的价值评估、使用年限、市场价值等多个因素的综合考量。
- 赔偿协商过程中，建议当事人咨询专业律师或相关政府部门，以确保自己的合法权益得到充分保障。
四、建议与总结
- 面对违法建筑的赔偿问题，建议当事人首先了解自己的建筑是否属于违法建筑，以及是否存在特殊情形可能获得赔偿。
- 如果认为自己的合法权益受到损害，建议及时咨询专业律师，获取更具体的法律分析和建议。
- 同时，行政机关在拆除违法建筑时也应依法行事，确保拆除程序的合法性和正当性，避免不必要的法律纠纷和赔偿责任。
综上所述，损害违法建筑的赔偿问题需要根据具体情况进行细致分析。在一般情况下，违法建筑拆除时是不予补偿的；但在特殊情形下，如程序违法、历史原因或可回收利用材料等方面，当事人有可能获得部分补偿或适当赔偿。