关于法院判决拆除的违法建筑如何赔偿的问题，这确实是一个涉及多个法律层面和实际情况的复杂议题。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：
一、总体原则
首先，需要明确的是，违法建筑因其违反了《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，通常不具有合法性。因此，在依法拆除时，一般情况下是不予赔偿的。这一原则适用于大多数未经批准、擅自建设的建筑物和构筑物。
二、特殊情形下的赔偿或补偿
然而，也存在一些特殊情况，可能使得违法建筑的拆除涉及赔偿或补偿问题：
历史遗留问题：
- 如果违法建筑是由于历史原因造成的，比如过去规划不明确、管理不严格等，且当事人实际生活或生产需要依赖该建筑，政府可能会考虑给予一定的补偿。这种补偿通常结合建筑物的使用情况、历史贡献等因素进行综合评估。
行政机关过错：
- 如果违法建筑的产生是由于行政机关的疏忽、错误或违规审批导致的，那么行政机关需要承担相应的赔偿责任。赔偿标准将依据当事人的实际损失，包括建设成本、经营损失等进行合理计算。
拆除过程中对合法财产造成损害：
- 在拆除违法建筑的过程中，如果拆除方未遵循法定程序或采取合理方式，导致合法财产（如建筑内的财物、相邻建筑等）受损，当事人有权要求赔偿。赔偿范围包括建筑内财物损失、搬迁费用、停产停业损失等，赔偿标准将参照市场价值、实际损失等因素进行评估确定。
精神损害赔偿：
- 在极少数特定情况下，如果拆除行为给当事人造成了严重的精神痛苦，且这种痛苦达到了一定的程度，当事人可以主张精神损害赔偿。但这一认定条件较为严格，需要根据具体情况进行判断。
三、赔偿程序与注意事项
收集证据：
- 被拆迁方应及时收集相关证据，如强拆现场的照片、视频、相关文件等，以证明自身权益和拆迁方的违法行为。这些证据将在后续的赔偿请求中起到关键作用。
提起诉讼或行政复议：
- 依据《中华人民共和国国家赔偿法》、《中华人民共和国行政诉讼法》等法律法规，被拆迁方可以向有关部门或法院提起诉讼或行政复议，要求赔偿。在提起诉讼或行政复议时，应明确赔偿请求和事实依据。
及时维权与合法合规：
- 发现权益受侵害时，被拆迁方应及时维权，避免错过最佳的维权时机。同时，在维权过程中应遵守法律法规，不得采取非法手段或进行过激行为。
全面举证：
- 在要求赔偿时，被拆迁方应提供全面、客观、公正的证据，确保赔偿请求的合理性。这包括证明违法建筑的存在、拆除行为的违法性、自身权益的受损情况等。
四、结论
综上所述，拆除违法建筑的赔偿问题并非一概而论，而是需要根据具体情况进行综合考量。在实际操作中，应充分考虑历史背景、行政机关过错、合法财产损失等多方面因素，并遵循相关法律法规和赔偿标准进行处理。如果您面临这样的问题，建议您及时咨询专业律师或相关机构，以了解自身权益和法律途径，确保合法权益得到有效维护。