在签有三方合同的情况下发生劳动争议，仲裁的被申请人通常是与劳动者存在直接劳动关系的那一方主体，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、三方合同的基本性质
三方合同，通常涉及劳动者、用人单位以及另一方主体（可能是劳务派遣单位、关联公司、合作单位等）。这种合同形式在劳务派遣、关联企业用工等场景中较为常见。在三方合同中，劳动者的劳动关系、工作内容、薪酬福利等关键条款往往由其中两方或三方共同约定。
二、劳动争议仲裁的被申请人确定
直接劳动关系原则：
- 在大多数情况下，劳动争议仲裁的被申请人是与劳动者存在直接劳动关系的用人单位。这是因为劳动争议通常源于劳动关系中的权利义务纠纷，如工资支付、加班费、解除劳动合同等。
- 如果三方合同中明确约定了某一方为用人单位，且该方与劳动者之间存在实际的用工关系，那么该方通常就是劳动争议仲裁的被申请人。
特殊情况下的连带责任：
- 在某些特殊情况下，如劳务派遣中，如果劳务派遣单位（即三方合同中的一方）与用工单位（另一方）对劳动者的权益造成损害，且两者存在过错或共同行为，那么劳动者可以选择将劳务派遣单位和用工单位作为共同被申请人，要求它们承担连带责任。
- 此外，如果三方合同中存在其他特殊约定，如关联企业之间的用工安排、合作单位对劳动者的直接管理等，也可能导致多个主体成为劳动争议仲裁的被申请人。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在发生劳动争议时，首先应仔细审查三方合同的条款，特别是关于劳动关系、用工管理、薪酬福利等方面的约定。这有助于确定与劳动者存在直接劳动关系的用人单位，以及可能涉及的其他责任主体。
收集证据材料：
- 劳动者应收集与劳动争议相关的证据材料，如工资单、考勤记录、工作证、劳动合同等。这些证据材料有助于证明劳动关系的存在以及争议的具体内容。
咨询专业律师：
- 由于三方合同涉及的主体和法律关系较为复杂，劳动者在发生劳动争议时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。我可以根据你的具体情况，分析合同条款、证据材料以及相关法律法规，为你提供针对性的法律意见和仲裁策略。
提起仲裁申请：
- 在确定被申请人后，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。在申请过程中，应明确仲裁请求、事实和理由，并提交相关证据材料以支持自己的主张。
最后需要强调的是，劳动争议仲裁的被申请人确定是一个复杂而具体的问题，需要结合三方合同的条款、实际用工关系以及相关法律法规进行综合分析。如果你在这方面遇到困惑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。