结论：员工转合作制之后被开除是否有赔偿，需根据具体情况判断，包括合作协议的约定、开除原因及是否符合法定解除条件等。以下从不同角度进行分析：
一、合作协议的约定
有明确约定：
- 如果员工与公司签订的合作协议中明确约定了开除条件及相应的赔偿或补偿条款，那么当公司依据这些条款开除员工时，应按照协议约定执行。
- 例子：合作协议中规定，若公司因业务调整需要开除合作员工，需支付相当于一个月工资的赔偿金。在此情况下，公司开除员工时，应支付该赔偿金。
无明确约定：
- 如果合作协议中没有明确约定开除条件及赔偿或补偿条款，那么公司开除员工时，可能无法直接依据协议要求赔偿。但员工仍可依据相关法律法规，主张自己的合法权益。
二、开除原因及法定解除条件
符合法定解除条件：
- 如果公司开除员工是基于员工严重违反公司规章制度、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害等法定解除条件，且公司能够提供充分证据证明，那么公司开除员工可能无需支付赔偿。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有严重违反用人单位的规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等情形的，用人单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
不符合法定解除条件：
- 如果公司开除员工的原因不符合法定解除条件，或者公司无法提供充分证据证明员工存在过错，那么员工可以主张公司违法解除劳动合同，并要求公司支付赔偿金。
- 赔偿金计算：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，违法解除劳动合同的赔偿金为经济补偿的两倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 例子：员工在公司工作3年，月工资为5000元。若公司违法解除劳动合同，则应支付赔偿金为：\(5000元/月 \times 3月 \times 2 = 30000元\)。
三、合作制与劳动关系的区别
合作制：通常指的是双方基于平等、自愿的原则，通过签订合作协议，共同开展业务活动，共享收益、共担风险的一种合作方式。在合作制下，双方的关系更侧重于合作与共赢，而非传统的雇佣与被雇佣关系。
劳动关系：则是指劳动者与用人单位之间，依法签订劳动合同，劳动者接受用人单位的管理，从事用人单位安排的工作，成为用人单位的成员，从用人单位领取报酬和受劳动保护所产生的法律关系。
影响分析：如果员工转合作制后，与公司的关系更倾向于合作关系而非劳动关系，那么公司开除员工时，可能无法直接适用劳动法律法规中关于经济补偿或赔偿金的规定。但具体仍需根据合作协议的约定及实际情况来判断。
建议：
- 对于员工而言，在签订合作协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于开除条件及赔偿或补偿的条款，确保自己的合法权益得到保障。
- 对于公司而言，在开除合作员工时，应确保开除原因符合法定解除条件或合作协议的约定，并保留充分证据以证明员工的过错或合作协议的约定，以避免不必要的法律纠纷。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。