结论：新公司入职3个月转正后变更劳动合同主体，这一行为是否有问题，需根据具体情况来判断，主要关注变更的合法性、合理性以及是否保障了劳动者的权益。

分析角度一：变更劳动合同主体的合法性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则，且不得违反法律、行政法规的规定。如果新公司在转正后未经劳动者同意，单方面变更劳动合同主体（如将劳动合同从原公司转移至关联公司或新成立的公司），这种行为可能构成违法变更，劳动者有权拒绝并要求原公司继续履行原劳动合同。

2. 特殊情况：如果新公司因业务调整、重组等合理原因需要变更劳动合同主体，且已与劳动者充分协商并达成一致意见，同时确保劳动者的工资、福利、工作条件等不受不利影响，那么这种变更可能是合法的。

分析角度二：变更劳动合同主体的合理性

1. 劳动者权益保障：在变更劳动合同主体时，新公司应确保劳动者的合法权益不受损害。这包括但不限于工资水平、社会保险缴纳、工作时间、休息休假等。如果变更导致劳动者权益受损，劳动者有权提出异议并要求赔偿。

2. 工作连续性：变更劳动合同主体不应影响劳动者的工作连续性和职业发展。新公司应确保劳动者在变更后的工作岗位、职责和职业发展路径上保持连续性，避免因变更而导致劳动者职业发展的中断或受阻。

分析角度三：实际操作中的注意事项

1. 书面协议：如果新公司与劳动者就变更劳动合同主体达成一致意见，应签订书面协议明确变更的内容、生效时间、双方的权利义务等。这有助于避免未来可能出现的纠纷和争议。

2. 通知与协商：新公司在变更劳动合同主体前，应提前通知劳动者并与其进行充分协商。这有助于保障劳动者的知情权、参与权和协商权，确保变更的合法性和合理性。

建议：

• 如果您作为劳动者遇到新公司转正后变更劳动合同主体的情况，首先应要求新公司提供变更的合法依据和合理理由。
• 仔细审查变更后的劳动合同条款，确保自己的权益不受损害。
• 如果对新公司的变更行为有异议或担忧，可以及时向新公司提出并要求协商解决。如果协商无果，您可以考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

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