如果公司在三年劳动合同期间换了主体，劳动合同的效力及劳动者的权益将根据具体情况而定。
劳动合同主体变更的效力：
- 根据《劳动合同法实施条例》第十条，如果劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。这意味着，如果公司主体变更是因为公司重组、合并或分立等原因，且劳动者被安排到新公司工作，那么劳动者在原公司的工作年限将被新公司承接。
新公司是否承接原公司义务：
- 新公司是否完全承接原公司对劳动者的义务，取决于双方是否有明确的约定。例如，如果双方签订了《劳动合同主体变更协议》，并明确约定新公司将承接原公司的某些特定义务（如年假、经济补偿等），那么新公司需要按照协议履行这些义务。
- 但是，如果协议中没有明确约定新公司需要承接原公司的全部义务，或者根本没有签订这样的协议，那么新公司就没有义务承担原公司对劳动者的其他未明确约定的义务。
劳动者权益的保护：
- 无论公司主体如何变更，劳动者都有权要求新公司继续履行原劳动合同中约定的义务，包括工资待遇、工作时间、休息休假等。
- 如果新公司拒绝履行原劳动合同中的义务，或者对劳动者进行了不合理的待遇调整，劳动者有权向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等方式维护自己的合法权益。
综上所述，如果公司在三年劳动合同期间换了主体，劳动者应关注劳动合同主体变更的效力、新公司是否承接原公司义务以及自己权益的保护。如有任何疑问或争议，应及时咨询专业律师或劳动监察部门，以维护自己的合法权益。